diff --git a/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/AdvancedSegmentation.po b/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/AdvancedSegmentation.po new file mode 100644 index 000000000..655b3e3ea --- /dev/null +++ b/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/AdvancedSegmentation.po @@ -0,0 +1,1028 @@ +# SOME DESCRIPTIVE TITLE. +# Copyright (C) 2023, Imaging Platform +# This file is distributed under the same license as the cellprofiler-tutorials package. +# FIRST AUTHOR , YEAR. +# +# Translators: +# Beth Cimini, 2026 +# +#, fuzzy +msgid "" +msgstr "" +"Project-Id-Version: cellprofiler-tutorials\n" +"Report-Msgid-Bugs-To: \n" +"POT-Creation-Date: 2024-03-15 11:33-0400\n" +"PO-Revision-Date: 2023-12-13 22:27+0000\n" +"Last-Translator: Beth Cimini, 2026\n" +"Language-Team: Arabic (https://app.transifex.com/center-for-open-bioimage-analysis/teams/169339/ar/)\n" +"MIME-Version: 1.0\n" +"Content-Type: text/plain; charset=UTF-8\n" +"Content-Transfer-Encoding: 8bit\n" +"Language: ar\n" +"Plural-Forms: nplurals=6; plural=n==0 ? 0 : n==1 ? 1 : n==2 ? 2 : n%100>=3 && n%100<=10 ? 3 : n%100>=11 && n%100<=99 ? 4 : 5;\n" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:2 +msgid "Advanced segmentation and organelle analysis" +msgstr "التجزئة المتقدمة وتحليل العضيات" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:3 +msgid "" +"***A computer exercise using the CellProfiler & CellProfiler Analyst " +"softwares***" +msgstr "" +"***تمرين على الكمبيوتر باستخدام برنامجي CellProfiler وCellProfiler " +"Analyst***" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:5 +msgid "" +"**Beth Cimini**
**Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA**" +msgstr "" +"**بيث سيميني**
**معهد برود التابع لمعهد ماساتشوستس للتكنولوجيا وجامعة " +"هارفارد، كامبريدج، ماساتشوستس**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:9 +msgid "**Background information:**" +msgstr "**معلومات أساسية:**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:11 +msgid "" +"The images in this experiment come from the [Broad Bioimage Benchmark " +"Collection](https://data.broadinstitute.org/bbbc/BBBC022/). They are 240 of " +"69,120 fields of U2OS cells treated with a panel of 1600 known bioactive " +"compounds and imaged in five channels for a so-called Cell Painting assay- " +"see Gustafsdottir et al, 2013 for more information. The compounds target a " +"wide range of cell pathways, meaning that some cells and organelles will " +"have very different morphologies both from each other and from the mock " +"treated controls. This will give you an opportunity to try to find " +"segmentation parameters that work across a wide range of conditions." +msgstr "" +"الصور المستخدمة في هذه التجربة مأخوذة من مجموعة Broad Bioimage Benchmark " +"Collection (https://data.broadinstitute.org/bbbc/BBBC022/). وهي عبارة عن 240" +" صورة من أصل 69120 حقلاً لخلايا U2OS، عولجت بمجموعة من 1600 مركب حيوي معروف،" +" وصُوّرت في خمس قنوات لما يُعرف باختبار \"تلوين الخلايا\" (انظر " +"Gustafsdottir et al, 2013 لمزيد من المعلومات). تستهدف هذه المركبات نطاقًا " +"واسعًا من مسارات الخلية، مما يعني أن بعض الخلايا والعضيات ستختلف في شكلها " +"اختلافًا كبيرًا، سواء فيما بينها أو عن عينات التحكم المعالجة ظاهريًا. سيتيح " +"لك هذا فرصةً لمحاولة إيجاد معايير تجزئة فعّالة في ظل ظروف متنوعة." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:26 +msgid "*Figure 1: Images and channels from a CellPainting assay.*" +msgstr "*الشكل 1: صور وقنوات من اختبار CellPainting.*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:29 +msgid "" +"While in the traditional Cell Painting protocol we do not actually segment " +"out any organelles (other than the nucleus), the large number of stained " +"compartments make this an excellent set of images to find subcellular " +"features. Finding the average or count of smaller objects inside a larger " +"‘parent’ object is a feature of many pipelines and an important skill to " +"have in setting up a CellProfiler analysis." +msgstr "" +"على الرغم من أننا لا نقوم في بروتوكول تلوين الخلايا التقليدي بفصل أي عضيات " +"(باستثناء النواة)، إلا أن العدد الكبير من الحجيرات المصبوغة يجعل هذه " +"المجموعة من الصور ممتازة لاكتشاف السمات دون الخلوية. يُعدّ إيجاد متوسط أو " +"عدد الأجسام الأصغر داخل جسم \"أصلي\" أكبر ميزةً للعديد من برامج التحليل، " +"ومهارةً أساسيةً لإعداد تحليل CellProfiler." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:36 +msgid "" +"Cell Painting generally consists of a few simple segmentation steps followed" +" by adding as many measurement modules as can be reasonably included in a " +"single pipeline; we have found that by doing this we can measure ~1500 " +"features of each cell and from that create a ‘morphological profile’ that " +"can be used to predict interesting biology including drug mechanisms of " +"action, gene-pathway interactions, and more. See Bray et al 2016 and " +"citations within for more information." +msgstr "" +"تتألف تقنية رسم الخلايا عمومًا من بضع خطوات تجزئة بسيطة، تليها إضافة أكبر " +"عدد ممكن من وحدات القياس التي يمكن تضمينها في مسار معالجة واحد. وقد وجدنا " +"أنه من خلال القيام بذلك، يمكننا قياس ما يقارب 1500 سمة لكل خلية، ومن ثم " +"إنشاء \"ملف تعريف مورفولوجي\" يمكن استخدامه للتنبؤ بخصائص بيولوجية مهمة، بما" +" في ذلك آليات عمل الأدوية، وتفاعلات الجينات مع المسارات، وغير ذلك. للمزيد من" +" المعلومات، يُرجى مراجعة دراسة Bray et al 2016 والمراجع المذكورة فيها." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:44 +msgid "**Goals of this exercise:**" +msgstr "**أهداف هذا التمرين:**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:46 +msgid "" +"This exercise will give you practice at finding segmentation parameters that" +" will be robust across whatever variability may exist in your sample. This " +"is not always straightforward, so examining your segmentation across a wide " +"range of images will be necessary." +msgstr "" +"سيوفر لك هذا التمرين فرصةً للتدرب على إيجاد معايير تجزئة تتسم بالمتانة بغض " +"النظر عن التباين الموجود في عينتك. وهذا ليس بالأمر السهل دائمًا، لذا سيكون " +"من الضروري فحص عملية التجزئة عبر نطاق واسع من الصور." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:55 +msgid "*Figure 2: Examples of varied nuclei found in this data set.*" +msgstr "*الشكل 2: أمثلة على النوى المتنوعة الموجودة في مجموعة البيانات هذه.*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:58 +msgid "" +"This exercise will additionally show you some ways to pull out smaller " +"features in your image by segmenting organelles within the cells and nuclei." +" You will also be shown how to use RelateObjects so that you can study the " +"average counts, distances, and measurements of the smaller organelles inside" +" their larger parent objects." +msgstr "" +"سيوضح لك هذا التمرين أيضًا بعض الطرق لاستخراج التفاصيل الدقيقة في صورتك عن " +"طريق تقسيم العضيات داخل الخلايا والنوى. كما ستتعلم كيفية استخدام أداة " +"RelateObjects لدراسة متوسط عدد العضيات الصغيرة والمسافات بينها وقياساتها " +"داخل الكائنات الأكبر حجمًا." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:64 +msgid "**Materials necessary for this exercise:**" +msgstr "**المواد اللازمة لهذا التمرين:**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:66 +msgid "" +"These 1200 images (240 sites in 5 channels) represent 120 wells from a " +"single 384 well plate, either mock treated with DMSO or treated with a " +"variety of bioactive compounds. A CSV file containing associated drug " +"treatment information has also been included." +msgstr "" +"تمثل هذه الصور الـ 1200 (240 موقعًا في 5 قنوات) 120 بئرًا من صفيحة واحدة " +"تحتوي على 384 بئرًا، إما معالجة بمحلول DMSO أو معالجة بمجموعة متنوعة من " +"المركبات النشطة بيولوجيًا. كما تم تضمين ملف CSV يحتوي على معلومات معالجة " +"الأدوية ذات الصلة." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:71 +msgid "" +"It is additionally expected that you are generally familiar with " +"CellProfiler, preferably after completing the Translocation tutorial or a " +"similar introductory exercise." +msgstr "" +"ومن المتوقع أيضًا أن تكون على دراية عامة ببرنامج CellProfiler، ويفضل أن يكون" +" ذلك بعد إكمال البرنامج التعليمي الخاص بالانتقال أو تمرين تمهيدي مماثل." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:75 +msgid "**Input images and configure metadata**" +msgstr "**أدخل الصور وقم بتكوين البيانات الوصفية**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:77 +msgid "1. **Load images and metadata**" +msgstr "1. **تحميل الصور والبيانات الوصفية**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:79 +msgid "" +"Start CellProfiler by double-clicking the desktop icon \"CellProfiler" +msgstr "" +"ابدأ تشغيل برنامج CellProfiler بالنقر المزدوج على أيقونة سطح المكتب \"CellProfiler" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:79 +msgid "CellProfiler icon" +msgstr "أيقونة CellProfiler" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:81 +msgid "" +"Drag and drop the ‘BBBC022_Analysis_Start.cppipe’ file into the ‘Analysis " +"modules’ box. 7 modules should pop up, and almost all of them will show " +"errors. **This is the expected behavior.**" +msgstr "" +"اسحب ملف \"BBBC022_Analysis_Start.cppipe\" وأفلته في مربع \"وحدات التحليل\"." +" ستظهر 7 وحدات، وستظهر أخطاء في معظمها. **هذا هو السلوك المتوقع.**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:84 +msgid "" +"Drag and drop the ‘BBBC022_20585_AE’ folder into the ‘File list’ box. It " +"should automatically populate. Notice that illumination correction images " +"(with a file extension of ‘.npy’) are included in this data set." +msgstr "" +"اسحب مجلد \"BBBC022_20585_AE\" وأفلته في مربع \"قائمة الملفات\". سيتم ملؤه " +"تلقائيًا. لاحظ أن صور تصحيح الإضاءة (بامتداد ملف \".npy\") مُضمنة في مجموعة " +"البيانات هذه." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:89 +msgid "2. **Import metadata from the CSV**" +msgstr "2. **استيراد البيانات الوصفية من ملف CSV**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:91 +msgid "" +"So that we can explore what cells treated with different drugs look like " +"later in the exercise, we must add this information into CellProfiler from " +"the CSV. Provided with this exercise is a CSV called ‘20585_AE.csv’ " +"detailing drug treatment info for each image." +msgstr "" +"لكي نتمكن من استكشاف شكل الخلايا المعالجة بأدوية مختلفة لاحقًا في التمرين، " +"يجب علينا إضافة هذه المعلومات إلى برنامج CellProfiler من ملف CSV. يُرفق بهذا" +" التمرين ملف CSV باسم \"20585_AE.csv\" يحتوي على تفاصيل معالجة كل صورة " +"بالأدوية." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:94 +msgid "" +"In the ‘Metadata’ module, three metadata extraction methods should already " +"be present and fully configured:" +msgstr "" +"في وحدة \"البيانات الوصفية\"، يجب أن تكون ثلاث طرق لاستخراج البيانات الوصفية" +" موجودة بالفعل ومُهيأة بالكامل:" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:96 +msgid "" +"The first pulls Well, Site, and Channel metadata from all of the image files" +" except for the illumination correction functions" +msgstr "" +"يستخرج البرنامج الأول بيانات التعريف الخاصة بالبئر والموقع والقناة من جميع " +"ملفات الصور باستثناء وظائف تصحيح الإضاءة." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:98 +msgid "The second pulls Plate metadata from the image folder" +msgstr "أما الثاني فيستخرج بيانات تعريف اللوحة من مجلد الصورة" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:99 +msgid "" +"The third pulls Plate metadata from the illumination correction functions" +msgstr "أما الثالث فيستخلص بيانات تعريف اللوحة من وظائف تصحيح الإضاءة" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:102 +msgid "" +"The fourth metadata extraction step requires you to tell CellProfiler the " +"location of the CSV file. It is looking for it in CellProfiler's Default " +"Input Folder, which we must therefore configure." +msgstr "" +"تتطلب خطوة استخراج البيانات الوصفية الرابعة تحديد موقع ملف CSV في برنامج " +"CellProfiler. يبحث البرنامج عنه في مجلد الإدخال الافتراضي الخاص به، والذي " +"يجب علينا بالتالي ضبطه." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:106 +msgid "" +"Select the " +" button in the bottom left corner of the screen." +msgstr "" +"حدد الزر في" +" الزاوية السفلية اليسرى من الشاشة." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:107 +msgid "" +"Set the ‘Default Input Folder’ to the location of ‘20585_AE.csv’ within the " +"exercise folder" +msgstr "" +"قم بتعيين \"مجلد الإدخال الافتراضي\" إلى موقع الملف \"20585_AE.csv\" داخل " +"مجلد التمرين." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:109 +msgid "" +"Return to the ‘Metadata’ module and press ‘Update’. You should now see a " +"number of columns in the Metadata window." +msgstr "" +"ارجع إلى وحدة \"البيانات الوصفية\" واضغط على \"تحديث\". ستظهر لك الآن عدة " +"أعمدة في نافذة البيانات الوصفية." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:111 +msgid "" +"If you like, examine the CSV and how the ‘Match file and image’ settings are" +" configured:" +msgstr "" +"إذا رغبت، يمكنك الاطلاع على ملف CSV وكيفية ضبط إعدادات \"مطابقة الملف " +"والصورة\":" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:113 +msgid "" +"Image_Metadata_PlateID (from the spreadsheet) is matched to Plate (extracted" +" from the folder name by the second extraction step)" +msgstr "" +"يتم مطابقة Image_Metadata_PlateID (من جدول البيانات) مع Plate (المستخرج من " +"اسم المجلد بواسطة خطوة الاستخراج الثانية)" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:114 +msgid "" +"Image_Metadata_CPD_WELL_POSITION (from the spreadsheet) is matched to Well " +"(extracted from the file name by the first extraction step)" +msgstr "" +"يتم مطابقة Image_Metadata_CPD_WELL_POSITION (من جدول البيانات) مع Well " +"(المستخرج من اسم الملف بواسطة خطوة الاستخراج الأولى)" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:116 +msgid "3. **Examine the channel mappings in NamesAndTypes (optional)**" +msgstr "3. **افحص تعيينات القنوات في NamesAndTypes (اختياري)**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:118 +msgid "" +"The channel mapping here is a bit more complicated than anything we've " +"worked with before- we have a single set of illumination correction images " +"that map to each and every well and site. We can use the metadata we " +"extracted in the last module to make that association possible." +msgstr "" +"يُعدّ رسم خرائط القنوات هنا أكثر تعقيدًا من أي شيء عملنا عليه سابقًا، إذ " +"لدينا مجموعة واحدة من صور تصحيح الإضاءة تُطابق كل بئر وموقع. ويمكننا استخدام" +" البيانات الوصفية التي استخرجناها في الوحدة السابقة لجعل هذا الربط ممكنًا." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:120 +msgid "" +"Two different ways of mapping images to channel names are demonstrated here." +" There are several others, and often you could create several correct " +"mappings for a given set of images, but these may serve as a helpful example" +" to refer to in your own work." +msgstr "" +"يُعرض هنا طريقتان مختلفتان لربط الصور بأسماء القنوات. توجد طرق أخرى عديدة، " +"وغالبًا ما يمكنك إنشاء عدة روابط صحيحة لمجموعة معينة من الصور، ولكن هذه " +"الأمثلة قد تكون مفيدة للاستعانة بها في عملك." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:125 +msgid "" +"The ‘.tif’ image files are assigned a name by the Metadata extracted in the " +"previous module (specifically ChannelNumber)" +msgstr "" +"يتم تعيين اسم لملفات الصور بصيغة \".tif\" بواسطة البيانات الوصفية المستخرجة " +"في الوحدة السابقة (وتحديداً رقم القناة)." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:128 +msgid "" +"The ‘.npy’ illumination correction functions are assigned a name based on a " +"unique string in the name (such as ‘IllumER’)" +msgstr "" +"يتم تعيين اسم لوظائف تصحيح الإضاءة '.npy' بناءً على سلسلة فريدة في الاسم " +"(مثل 'IllumER')." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:131 +msgid "" +"As there is only one set of illumination correction functions for each " +"entire plate, the image sets cannot simply be constructed by using ‘Image " +"set matching’ as ‘Order’." +msgstr "" +"بما أن هناك مجموعة واحدة فقط من وظائف تصحيح الإضاءة لكل لوحة كاملة، فلا يمكن" +" ببساطة إنشاء مجموعات الصور باستخدام \"مطابقة مجموعة الصور\" كـ \"ترتيب\"." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:135 +msgid "" +"Scroll to the bottom of the ‘NamesAndTypes’ to see how the image sets are " +"constructed" +msgstr "انتقل إلى أسفل قسم \"الأسماء والأنواع\" لمعرفة كيفية إنشاء مجموعات الصور" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:138 +msgid "‘Image set matching’ is set to ‘Metadata’" +msgstr "تم ضبط \"مطابقة مجموعة الصور\" على \"البيانات الوصفية\"." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:139 +msgid "Each image channel is set to ‘Plate->Well->Site’." +msgstr "تم ضبط كل قناة صورة على \"لوحة -> بئر -> موقع\"." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:140 +msgid "" +"Each illumination correction function is set to ‘Plate->(None)->(None)’" +msgstr "تم ضبط كل وظيفة تصحيح إضاءة على \"لوحة -> (لا شيء) -> (لا شيء)\"." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:143 +msgid "" +"Metadata based matching can be useful in any circumstance where a larger " +"group of images needs to be mapped with a smaller one, such as every plate " +"in an image set having its own illumination correction function or every " +"movie in a series of timelapse movies being matched to its own unique " +"cropping mask." +msgstr "" +"يمكن أن تكون المطابقة القائمة على البيانات الوصفية مفيدة في أي ظرف يتطلب فيه" +" الأمر ربط مجموعة أكبر من الصور بمجموعة أصغر، مثل كل لوحة في مجموعة صور " +"تحتوي على وظيفة تصحيح الإضاءة الخاصة بها أو كل فيلم في سلسلة من أفلام الفاصل" +" الزمني يتم مطابقته مع قناع الاقتصاص الفريد الخاص به." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:153 +msgid "*Figure 3: A section of the ‘Image set matching’ dialog.*" +msgstr "*الشكل 3: جزء من مربع حوار \"مطابقة مجموعة الصور\".*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:155 +msgid "**Illumination correction**" +msgstr "**تصحيح الإضاءة**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:157 +msgid "" +"4. **Examine the output of the CorrectIlluminationApply module (optional)**" +msgstr "4. **افحص مخرجات وحدة CorrectIlluminationApply (اختياري)**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:159 +msgid "" +"Since microscope objectives don't typically have a completely uniform " +"illumination pattern, applying an illumination correction function can help " +"make segmentation better and measurements more even by compensating for " +"this. Pay close attention to the top of the field of view to see the " +"greatest effect." +msgstr "" +"بما أن عدسات المجهر لا توفر عادةً نمط إضاءة موحدًا تمامًا، فإن تطبيق وظيفة " +"تصحيح الإضاءة يُحسّن من دقة التجزئة ويجعل القياسات أكثر تجانسًا من خلال " +"تعويض هذا الخلل. ركّز جيدًا على الجزء العلوي من مجال الرؤية لملاحظة التأثير " +"الأكبر." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:164 +msgid "" +"Enter test mode and hit ‘Step’ to run the CorrectIlluminationApply module." +msgstr "" +"ادخل إلى وضع الاختبار واضغط على \"خطوة\" لتشغيل وحدة " +"CorrectIlluminationApply." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:167 +msgid "" +"Briefly examine the output of the CorrectIlluminationApply module- you can " +"see that the illumination correction functions show significant " +"heterogeneity across the field of view." +msgstr "" +"قم بفحص مخرجات وحدة CorrectIlluminationApply بإيجاز - يمكنك أن ترى أن وظائف " +"تصحيح الإضاءة تظهر تباينًا كبيرًا عبر مجال الرؤية." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:171 +msgid "" +"These functions were created by averaging and smoothing all 3456 images from" +" this plate, indicating the image captured is consistently dimmer in those " +"regions for nearly all images." +msgstr "" +"تم إنشاء هذه الوظائف عن طريق حساب متوسط وتنعيم جميع الصور الـ 3456 من هذه " +"اللوحة، مما يشير إلى أن الصورة الملتقطة تكون أكثر قتامة باستمرار في تلك " +"المناطق بالنسبة لجميع الصور تقريبًا." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:175 +msgid "" +"Also note that while the illumination correction functions for each channel " +"are similar, they aren’t identical; each channel in your own experiments " +"should therefore be illumination corrected independently." +msgstr "" +"لاحظ أيضًا أنه على الرغم من أن وظائف تصحيح الإضاءة لكل قناة متشابهة، إلا " +"أنها ليست متطابقة؛ لذلك يجب تصحيح إضاءة كل قناة في تجاربك الخاصة بشكل مستقل." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:183 +msgid "*Figure 4: Application of the illumination correction functions.*" +msgstr "*الشكل 4: تطبيق وظائف تصحيح الإضاءة.*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:186 +msgid "**Segmenet Nuclei, Cells and Cytoplasm**" +msgstr "**القطاعات: النوى، والخلايا، والسيتوبلازم**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:188 +msgid "5. **IdentifyPrimaryObjects- Nuclei**" +msgstr "5. **تحديد الكائنات الأولية - النوى**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:190 +msgid "" +"Next we'll take a first pass at identifying nuclei and cells in our initial " +"image." +msgstr "بعد ذلك، سنقوم بمحاولة أولية لتحديد النوى والخلايا في صورتنا الأولية." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:192 +msgid "" +"**After** the CorrectIlluminationApply module but **before** any others, add" +" an IdentifyPrimaryObjects module (from the ‘Object Processing’ module " +"category)." +msgstr "" +"**بعد** وحدة CorrectIlluminationApply ولكن **قبل** أي وحدات أخرى، أضف وحدة " +"IdentifyPrimaryObjects (من فئة وحدات معالجة الكائنات)." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:195 +msgid "" +"Create objects called Nuclei by segmenting on the Hoechst channel. Hit " +"‘Step’ to run the module. How does your segmentation look?" +msgstr "" +"أنشئ كائنات تُسمى \"نوى\" عن طريق تقسيمها على قناة هوكست. اضغط على \"خطوة\" " +"لتشغيل الوحدة. كيف يبدو تقسيمك؟" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:197 +msgid "" +"Use the magnifying glass at the top of the window to zoom in on an area that" +" was segmented poorly, then update some of your parameters in " +"IdentifyPrimaryObjects and hit ‘Step’ to rerun the segmentation." +msgstr "" +"استخدم العدسة المكبرة في أعلى النافذة للتكبير على منطقة تم تقسيمها بشكل سيئ،" +" ثم قم بتحديث بعض المعلمات الخاصة بك في IdentifyPrimaryObjects وانقر فوق " +"\"خطوة\" لإعادة تشغيل عملية التقسيم." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:200 +msgid "" +"Adjust the segmentation parameters until you feel you’re ready to move on to" +" identifying the cells around the nuclei; as you will test the parameters " +"for robustness later, however, the identification should be good but doesn’t" +" need to be perfect before you move on." +msgstr "" +"اضبط معلمات التجزئة حتى تشعر أنك مستعد للانتقال إلى تحديد الخلايا المحيطة " +"بالنوى؛ ومع ذلك، بما أنك ستختبر المعلمات للتأكد من متانتها لاحقًا، فيجب أن " +"يكون التحديد جيدًا ولكنه ليس من الضروري أن يكون مثاليًا قبل أن تنتقل إلى " +"الخطوة التالية." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:205 +msgid "6. **IdentifySecondaryObjects- Cells**" +msgstr "6. **تحديد الكائنات الثانوية - الخلايا**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:207 +msgid "" +"**After** the IdentifyPrimaryObjects module but **before** the " +"EnhanceOrSuppressFeatures module, add an IdentifySecondaryObjects module." +msgstr "" +"**بعد** وحدة IdentifyPrimaryObjects ولكن **قبل** وحدة " +"EnhanceOrSuppressFeatures، أضف وحدة IdentifySecondaryObjects." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:210 +msgid "" +"Create an object called Cells that is seeded on the Nuclei primary objects " +"that you just created; use the Ph_golgi image." +msgstr "" +"قم بإنشاء كائن يسمى Cells يتم زراعته على الكائنات الأساسية Nuclei التي قمت " +"بإنشائها للتو؛ استخدم صورة Ph_golgi." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:212 +msgid "" +"For the purposes of this exercise, you need not worry about excluding cell " +"bodies that touch the edge of the image." +msgstr "" +"لأغراض هذا التمرين، لا داعي للقلق بشأن استبعاد أجسام الخلايا التي تلامس حافة" +" الصورة." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:214 +msgid "" +"Examine the segmentation and adjust the segmentation parameters until you " +"feel you’re ready to test them on another image; they need not be perfect " +"before you move on." +msgstr "" +"افحص عملية التجزئة واضبط معلمات التجزئة حتى تشعر بأنك مستعد لاختبارها على " +"صورة أخرى؛ ليس من الضروري أن تكون مثالية قبل أن تنتقل إلى الخطوة التالية." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:218 +msgid "" +"7. **Test the robustness of your segmentation parameters across multiple " +"compounds**" +msgstr "7. **اختبر مدى متانة معايير التجزئة الخاصة بك عبر مركبات متعددة**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:220 +msgid "" +"It's (relatively!) easy to come up with a good set of segmentation " +"parameters for a single image or a set of similar images; this data set " +"however contains images from cells treated with many different classes of " +"drugs, many of which have very different phenotypes. It's valuable to learn " +"how to create a set of parameters that can segment cells that display a " +"variety of morphologies since you may come across a similar problem in your " +"own experiments!" +msgstr "" +"من السهل (نسبيًا!) وضع مجموعة جيدة من معايير التجزئة لصورة واحدة أو مجموعة " +"من الصور المتشابهة؛ إلا أن هذه المجموعة من البيانات تحتوي على صور لخلايا " +"مُعالجة بأنواع مختلفة من الأدوية، والتي يتميز العديد منها بأنماط ظاهرية " +"متباينة. من المهم تعلم كيفية إنشاء مجموعة من المعايير التي تُمكن من تجزئة " +"الخلايا ذات الأشكال المختلفة، إذ قد تواجه مشكلة مماثلة في تجاربك الخاصة!" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:222 +msgid "" +"Go to Test->Choose Image Set to bring up a list of the images in your " +"experiment." +msgstr "انتقل إلى اختبار -> اختيار مجموعة الصور لعرض قائمة بالصور في تجربتك." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:229 +msgid "*Figure 5: A section of the ‘Choose Image Set’ menu.*" +msgstr "*الشكل 5: جزء من قائمة \"اختيار مجموعة الصور\".*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:232 +msgid "" +"Look at the column titled ‘Image_Metadata_SOURCE_COMPOUND_NAME’ to see what " +"chemical was used in each well of the experiment. You may click on the " +"column to sort the whole table by the values in it if you so desire." +msgstr "" +"انظر إلى العمود المعنون \"اسم المركب المصدر لبيانات الصورة\" لمعرفة المادة " +"الكيميائية المستخدمة في كل بئر من آبار التجربة. يمكنك النقر على العمود لفرز " +"الجدول بأكمله حسب القيم الموجودة فيه إذا رغبت في ذلك." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:237 +msgid "" +"Choose a row where ‘Image_Metadata_SOURCE_COMPOUND_NAME’ is blank- this will" +" be a mock treated well. Press the ‘OK’ button, then run that image in test " +"mode for your first 3 modules (through your IdentifySecondaryObjects step). " +"Examine the output – did your nuclear and cellular segmentation hold up " +"compared to the first images you looked at? Once your segmentation is good, " +"try it on one additional mock treated image." +msgstr "" +"اختر صفًا يكون فيه حقل \"اسم مركب مصدر بيانات الصورة\" فارغًا - سيمثل هذا " +"نموذجًا تم التعامل معه بنجاح. اضغط على زر \"موافق\"، ثم شغّل تلك الصورة في " +"وضع الاختبار لأول 3 وحدات (من خلال خطوة \"تحديد الكائنات الثانوية\"). افحص " +"الناتج - هل حافظ تجزئة النواة والخلايا على دقتها مقارنةً بالصور الأولى التي " +"اطلعت عليها؟ بمجرد التأكد من جودة التجزئة، جرّبها على صورة أخرى تم التعامل " +"معها بنجاح." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:244 +msgid "" +"Test your segmentation on images from a few different compounds- you may " +"choose ones you’ve worked with before, random ones, or some combination " +"therein; if possible avoid using multiple compounds you KNOW have the same " +"mechanism of action, though it’s alright if they occasionally do. Update " +"your segmentation parameters until they work well on a few different " +"compound wells, then go back to a mock treated well to make sure it still " +"works well there." +msgstr "" +"اختبر تجزئة الصور على صور من عدة مركبات مختلفة - يمكنك اختيار مركبات سبق لك " +"العمل عليها، أو مركبات عشوائية، أو مزيج منهما؛ تجنب قدر الإمكان استخدام " +"مركبات متعددة تعرف أنها تعمل بنفس آلية العمل، مع أنه لا بأس إن حدث ذلك " +"أحيانًا. حدّث معايير التجزئة حتى تعمل بشكل جيد على عدة عينات من المركبات " +"المختلفة، ثم ارجع إلى عينة محاكاة معالجة للتأكد من استمرار عملها بشكل جيد " +"هناك." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:252 +msgid "" +"You’re encouraged to explore the compound list on your own, but if you find " +"yourself consistently ending up with images that look similar you can try " +"adding images from the following list of wells- A08, A12, B12, B18, C7, D6, " +"D19, D22, E3" +msgstr "" +"نشجعك على استكشاف قائمة المركبات بنفسك، ولكن إذا وجدت نفسك تحصل باستمرار على" +" صور متشابهة، يمكنك محاولة إضافة صور من قائمة الآبار التالية: A08، A12، B12،" +" B18، C7، D6، D19، D22، E3" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:256 +msgid "" +"Some hints on what to play with: \\- In both IdentifyPrimaryObjects and " +"IdentifySecondaryObjects adjusting the threshold limits can be a good thing " +"for when wells are empty, confluent, or have bright debris in them \\- In " +"both IdentifyPrimaryObjects and IdentifySecondaryObjects adjusting the " +"threshold method may lead to better (or worse!) results. \\- In " +"IdentifyPrimaryObjects, adjusting the declumping settings (make sure to turn" +" 'Use advanced settings?' on) will probably be necessary for a robust " +"segmentation \\- In IdentifySecondaryObjects, you will want to test the " +"effects of using the various methods for identifying secondary objects " +"(Propagation, Watershed-Image, Distance-N, etc) and, if using Propagation, " +"the regularization factor." +msgstr "" +"بعض النصائح حول ما يجب تجربته: - في كل من IdentifyPrimaryObjects و " +"IdentifySecondaryObjects، قد يكون تعديل حدود العتبة مفيدًا عندما تكون الآبار" +" فارغة أو متصلة أو تحتوي على رواسب ساطعة. - في كل من IdentifyPrimaryObjects " +"و IdentifySecondaryObjects، قد يؤدي تعديل طريقة العتبة إلى نتائج أفضل (أو " +"أسوأ!). - في IdentifyPrimaryObjects، من المحتمل أن يكون تعديل إعدادات إزالة " +"التكتل (تأكد من تفعيل \"استخدام الإعدادات المتقدمة؟\") ضروريًا للحصول على " +"تجزئة قوية. - في IdentifySecondaryObjects، ستحتاج إلى اختبار تأثير استخدام " +"الطرق المختلفة لتحديد الكائنات الثانوية (الانتشار، صورة مستجمعات المياه، " +"المسافة-N، إلخ)، وفي حالة استخدام الانتشار، عامل التنظيم." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:262 +msgid "8. **IdentifyTertiaryObjects- Cytoplasm**" +msgstr "8. **تحديد الأجسام الثانوية - السيتوبلازم**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:264 +msgid "" +"**After** the IdentifySecondaryObjects module but **before** the " +"EnhanceOrSuppressFeatures module, add an IdentifyTertiaryObjects module." +msgstr "" +"**بعد** وحدة IdentifySecondaryObjects ولكن **قبل** وحدة " +"EnhanceOrSuppressFeatures، أضف وحدة IdentifyTertiaryObjects." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:267 +msgid "" +"Create an object called Cytoplasm using the Cell and Nuclei objects you’ve " +"created; ‘Shrink smaller object prior to subtraction?’ should both set to " +"‘No’." +msgstr "" +"قم بإنشاء كائن يسمى السيتوبلازم باستخدام كائنات الخلية والنوى التي قمت " +"بإنشائها؛ يجب أن يكون خيار \"تقليص الكائن الأصغر قبل الطرح؟\" مضبوطًا على " +"\"لا\"." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:270 +msgid "**Segment Nucleoli inside the Nuclei**" +msgstr "**تقسيم النويات داخل النوى**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:272 +msgid "9. **Examine the steps used to segment the Nucleoli**" +msgstr "9. **افحص الخطوات المستخدمة لتقسيم النويات**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:274 +msgid "" +"The next 3 modules have to do with the creation of the Nucleoli objects. " +"Look at the output from each to see how the image is transformed to aid in " +"segmentation." +msgstr "" +"تتعلق الوحدات الثلاث التالية بإنشاء كائنات Nucleoli. انظر إلى مخرجات كل منها" +" لمعرفة كيفية تحويل الصورة للمساعدة في عملية التجزئة." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:278 +msgid "" +"EnhanceOrSuppressFeatures is a module that helps enhance particular parts of" +" an image- in this case, punctate objects or ‘Speckles’. By specifying the " +"feature size, you can enhance different parts of the object. As we are " +"looking for nucleoli, we apply this to the RNA channel (Syto) image, and " +"call the output ‘FilteredRNA’. (See Fig 6 below)" +msgstr "" +"وحدة EnhanceOrSuppressFeatures تُساعد على تحسين أجزاء مُحددة من الصورة، وفي " +"هذه الحالة، الأجسام النقطية أو \"البقع\". بتحديد حجم الميزة، يُمكنك تحسين " +"أجزاء مُختلفة من الجسم. ولأننا نبحث عن النويات، نُطبق هذه الوحدة على صورة " +"قناة الحمض النووي الريبوزي (Syto)، ونُسمي الناتج \"FilteredRNA\". (انظر " +"الشكل 6 أدناه)" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:285 +msgid "" +"MaskImage allows you to create a version of the ‘FilteredRNA’ image called " +"‘SytoNuclei’ where all of the pixels except the ones you specify are set to " +"an intensity of 0- in this case, we set to 0 any pixel not inside a nucleus." +" By doing this, we can decrease the likelihood of detecting the cytoplasmic " +"RNA dots." +msgstr "" +"تتيح لك أداة MaskImage إنشاء نسخة من صورة \"FilteredRNA\" تُسمى " +"\"SytoNuclei\"، حيث يتم ضبط شدة جميع البكسلات، باستثناء تلك التي تحددها، على" +" الصفر - في هذه الحالة، نضبط شدة أي بكسل ليس داخل نواة على الصفر. بهذه " +"الطريقة، يمكننا تقليل احتمالية اكتشاف نقاط الحمض النووي الريبوزي " +"السيتوبلازمي." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:291 +msgid "" +"IdentifyPrimaryObjects is used to find the Nucleoli- this is a Primary " +"object segmentation because we are not using another object as a seed to " +"grow around, but only segmenting based off the intensity in our ‘SytoNuclei’" +" image." +msgstr "" +"تُستخدم خاصية IdentifyPrimaryObjects للعثور على النوى - وهذا تجزئة للكائنات " +"الأولية لأننا لا نستخدم كائنًا آخر كبذرة للنمو حوله، ولكننا نقوم بالتجزئة " +"فقط بناءً على شدة الإضاءة في صورة \"SytoNuclei\" الخاصة بنا." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:296 +msgid "" +"If you like, you can add an \"OverlayOutlines\" module at this point to " +"overlay the identified nucleoli on the original Syto image to assure " +"yourself that the segmentation not only matches the speckle-enhanced " +"‘SytoNuclei’ image, but also looks accurate on the unprocessed image as " +"well. This is not necessary but can be a nice \"sanity check\"." +msgstr "" +"إذا رغبت، يمكنك إضافة وحدة \"OverlayOutlines\" في هذه المرحلة لتراكب النويات" +" المحددة على صورة Syto الأصلية للتأكد من أن التجزئة لا تتطابق فقط مع صورة " +"\"SytoNuclei\" المحسّنة بالبقع، بل تبدو دقيقة أيضًا على الصورة غير المعالجة." +" هذا ليس ضروريًا، ولكنه قد يكون بمثابة \"فحص مبدئي\" مفيد." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:306 +msgid "" +"*Figure 6: Enhancing the Syto image allows you to isolate nucleoli against " +"the nucleoplasmic background signal.*" +msgstr "" +"*الشكل 6: تحسين صورة Syto يسمح لك بعزل النويات عن إشارة الخلفية النووية.*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:309 +msgid "**Segment the Mitochondria inside the Cytoplasm**" +msgstr "**قم بتقسيم الميتوكوندريا داخل السيتوبلازم**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:311 +msgid "10. **Mask the Mito image by the Cytoplasm object**" +msgstr "10. **قم بإخفاء صورة الميتوكوندريا بواسطة كائن السيتوبلازم**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:313 +msgid "" +"Now that you’ve seen an example of how to segment an organelle, you will do " +"so for Mitochondria in the following steps." +msgstr "" +"الآن بعد أن رأيت مثالاً على كيفية تقسيم العضية، ستفعل ذلك للميتوكوندريا في " +"الخطوات التالية." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:316 +msgid "" +"**After** the IdentifyPrimaryObjects module for Nucleoli but **before** the " +"RelateObjects modules, add a MaskImage module (from the Image Processing " +"module category)." +msgstr "" +"**بعد** وحدة IdentifyPrimaryObjects الخاصة بـ Nucleoli ولكن **قبل** وحدات " +"RelateObjects، أضف وحدة MaskImage (من فئة وحدة معالجة الصور)." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:320 +msgid "Call your output image ‘MaskedMito’." +msgstr "قم بتسمية صورة الإخراج الخاصة بك \"MaskedMito\"." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:322 +msgid "" +"As you saw above with the Nucleoli example, mask the image via Objects, and " +"use the Cytoplasm objects to create the mask." +msgstr "" +"كما رأيت أعلاه مع مثال النوى، قم بإخفاء الصورة عبر الكائنات، واستخدم كائنات " +"السيتوبلازم لإنشاء القناع." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:325 +msgid "" +"You may even experiment with doing a similar EnhanceOrSuppressFeatures step " +"before the masking as was used for the Nucleoli; you may get greater signal-" +"to-noise, but possibly at the expense of \"fragmenting\" the Mitochondria " +"objects in the later identification steps." +msgstr "" +"يمكنك حتى تجربة القيام بخطوة EnhanceOrSuppressFeatures مماثلة قبل عملية " +"الإخفاء كما تم استخدامها للنوى؛ قد تحصل على نسبة إشارة إلى ضوضاء أكبر، ولكن " +"ربما على حساب \"تجزئة\" كائنات الميتوكوندريا في خطوات التحديد اللاحقة." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:334 +msgid "" +"*Figure 7: The MaskedMito image contains only the regions of interest.*" +msgstr "*الشكل 7: تحتوي صورة MaskedMito على المناطق ذات الأهمية فقط.*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:338 +msgid "12. **IdentifyPrimaryObjects- Mitochondria**" +msgstr "12. **تحديد الكائنات الأولية - الميتوكوندريا**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:340 +msgid "" +"**After** your MaskImage module but **before** the RelateObjects modules, " +"add an IdentifyPrimary Objects module to identify Mitochondria from your " +"MaskedMito image." +msgstr "" +"**بعد** وحدة MaskImage الخاصة بك ولكن **قبل** وحدات RelateObjects، أضف وحدة " +"IdentifyPrimary Objects لتحديد الميتوكوندريا من صورة MaskedMito الخاصة بك." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:344 +msgid "" +"You should consider using a wide range of pixel sizes here; 2-20 is a " +"reasonable first place to start." +msgstr "" +"ينبغي عليك التفكير في استخدام نطاق واسع من أحجام البكسل هنا؛ 2-20 هي نقطة " +"بداية معقولة." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:347 +msgid "" +"If you did use EnhanceOrSuppressFeatures in the previous step, using " +"OverlayOutlines to compare the outlines with the original image is a good " +"idea once again." +msgstr "" +"إذا كنت قد استخدمت EnhanceOrSuppressFeatures في الخطوة السابقة، فإن استخدام " +"OverlayOutlines لمقارنة الخطوط الخارجية بالصورة الأصلية فكرة جيدة مرة أخرى." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:351 +msgid "**Perform Measurements**" +msgstr "**إجراء القياسات**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:353 +msgid "13. **Add measurement modules to your pipeline**" +msgstr "13. **أضف وحدات القياس إلى مسار العمل الخاص بك**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:355 +msgid "" +"**After** your segmentation of the mitochondria but **before** the " +"RelateObjects modules, add as many object measurement modules as you would " +"like." +msgstr "" +"**بعد** تقسيم الميتوكوندريا ولكن **قبل** وحدات RelateObjects، أضف أكبر عدد " +"ممكن من وحدات قياس الكائنات كما تريد." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:359 +msgid "" +"Some suggested modules to add- MeasureObjectSizeShape, " +"MeasureObjectIntensity, MeasureGranularity, MeasureObjectNeighbors." +msgstr "" +"بعض الوحدات المقترحة للإضافة: MeasureObjectSizeShape، " +"MeasureObjectIntensity، MeasureGranularity، MeasureObjectNeighbors." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:362 +msgid "" +"Which objects do you think would be valuable to measure with each of these " +"modules? Which channels would you measure your objects in?" +msgstr "" +"ما هي الأشياء التي تعتقد أنها ستكون ذات قيمة لقياسها باستخدام كل وحدة من هذه" +" الوحدات؟ وما هي القنوات التي ستستخدمها لقياس هذه الأشياء؟" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:365 +msgid "" +"For a typical Cell Painting experiment you would add as many measurements as" +" possible, but that isn’t necessary here; however, do make sure every object" +" gets at least some measurements." +msgstr "" +"في تجربة الرسم الخلوي النموذجية، ستضيف أكبر عدد ممكن من القياسات، ولكن هذا " +"ليس ضروريًا هنا؛ ومع ذلك، تأكد من أن كل كائن يحصل على بعض القياسات على " +"الأقل." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:369 +msgid "" +"While MeasureCorrelation, MeasureTexture, and " +"MeasureObjectIntensityDistribution can produce valuable data for downstream " +"profiling, they can be memory-intensive and/or slow so should not be added " +"for this example pipeline in the interest of pipeline run time. " +"MeasureNeurons is not well suited for this pipeline." +msgstr "" +"على الرغم من أن وظائف قياس الارتباط، وقياس النسيج، وقياس توزيع شدة الكائنات " +"يمكن أن تُنتج بيانات قيّمة لتحليل الأداء اللاحق، إلا أنها قد تستهلك الكثير " +"من الذاكرة و/أو تكون بطيئة، لذا يُنصح بعدم إضافتها إلى هذا المثال من مسار " +"المعالجة حرصًا على تقليل وقت التشغيل. كما أن وظيفة قياس الخلايا العصبية غير " +"مناسبة لهذا المسار." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:376 +msgid "**Export data**" +msgstr "**تصدير البيانات**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:377 +msgid "" +"In order to use the data visualization and machine learning tools in " +"CellProfiler Analyst, the measurements will need to be saved to a database " +"using the **ExportToDatabase**." +msgstr "" +"لاستخدام أدوات تصور البيانات والتعلم الآلي في CellProfiler Analyst، يجب حفظ " +"القياسات في قاعدة بيانات باستخدام **ExportToDatabase**." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:381 +msgid "" +"Add a module **ExportToDatabase** located under the module *“File " +"Processing” category*" +msgstr "" +"أضف وحدة **ExportToDatabase** الموجودة ضمن فئة الوحدة *“File Processing”*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:383 +msgid "" +"**NOTE:** while in *Test mode*, the **ExportToDatabase** module will have a" +" yellow warning sign in the pipeline panel and yellow- highlighted text in " +"the module settings. Holding the mouse over the yellow-highlighted text " +"informs the user that measurements produced in Test mode are not written to " +"the database. This is normal behavior and does NOT indicate an error." +msgstr "" +"**ملاحظة:** أثناء وضع الاختبار، ستظهر علامة تحذير صفراء في لوحة مسار " +"البيانات ونص مُظلل باللون الأصفر في إعدادات وحدة **تصدير إلى قاعدة " +"البيانات**. عند تمرير مؤشر الماوس فوق النص المُظلل، يُعلم المستخدم بأن " +"القياسات المُنتجة في وضع الاختبار لا تُسجل في قاعدة البيانات. هذا سلوك طبيعي" +" ولا يُشير إلى وجود خطأ." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:390 +msgid "Set up the module as in the image below:" +msgstr "قم بإعداد الوحدة كما هو موضح في الصورة أدناه:" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:396 +msgid "" +"*Figure 8: The ExportToDatabase module. The yellow warning symbol warns you" +" that since you've chosen to make individual tables for each object, you " +"will only be able to examine one object at a time in CellProfiler Analyst.*" +msgstr "" +"*الشكل 8: وحدة التصدير إلى قاعدة البيانات. يشير رمز التحذير الأصفر إلى أنه " +"نظرًا لاختيارك إنشاء جداول منفصلة لكل كائن، فلن تتمكن من فحص سوى كائن واحد " +"في كل مرة في برنامج CellProfiler Analyst.*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:401 +msgid "" +"Check the box “Write image thumbnails directly to database?” From the list-" +"box that subsequently appears, select “rawDNA” and “rawGFP”; you can make " +"multiple selections by using Ctrl-click (Windows) or Command-click (Mac). " +"Leave the rest of the settings at the default values." +msgstr "" +"فعّل خيار \"كتابة الصور المصغرة مباشرةً إلى قاعدة البيانات؟\". من القائمة " +"التي ستظهر لاحقًا، اختر \"rawDNA\" و\"rawGFP\"؛ يمكنك تحديد خيارات متعددة " +"باستخدام مفتاح Ctrl مع النقر (في نظام ويندوز) أو مفتاح Command مع النقر (في " +"نظام ماك). اترك باقي الإعدادات على قيمها الافتراضية." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:408 +msgid "" +"**NOTE:** Because you have different object counts for some of your " +"different types of objects (the counts of Nuclei, Cells, and Cytoplasm " +"will be the same, but the counts of Mitochondria and Nucleoli will not " +"be), you will not be able to export the objects as a single data table but" +" must instead use a different data table for each object. This will not " +"affect the actual outcome of the experiment, but will mean that each " +"object will get its own properties file and that you can only look at the " +"measurement for one object at a time in CellProfiler Analyst." +msgstr "" +"**ملاحظة:** نظرًا لاختلاف عدد العناصر بين أنواع الكائنات المختلفة (سيكون عدد" +" النوى والخلايا والسيتوبلازم متطابقًا، بينما سيختلف عدد الميتوكوندريا " +"والنويات)، فلن تتمكن من تصدير الكائنات كجدول بيانات واحد، بل يجب عليك " +"استخدام جدول بيانات منفصل لكل كائن. لن يؤثر هذا على نتائج التجربة، ولكنه " +"يعني أن كل كائن سيحصل على ملف خصائص خاص به، ولن تتمكن من عرض قياسات سوى كائن" +" واحد في كل مرة في برنامج CellProfiler Analyst." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:422 +msgid "" +"*Figure 9: The warning symbol warns you that since you've chosen to make " +"individual tables for each object, you will only be able to examine one " +"object at a time in CellProfiler Analyst.*" +msgstr "" +"*الشكل 9: يشير رمز التحذير إلى أنه نظرًا لاختيارك إنشاء جداول منفصلة لكل " +"عنصر، فلن تتمكن من فحص سوى عنصر واحد في كل مرة في برنامج CellProfiler " +"Analyst.*" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:427 +msgid "**Relate Nucleoli and Mitochondria to their respective nuclei/cells**" +msgstr "**ربط النويات والميتوكوندريا بنوى/خلايا كل منهما على حدة**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:429 +msgid "14. Examine the settings of RelateObjects" +msgstr "14. افحص إعدادات RelateObjects" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:431 +msgid "" +"**After** your Measurement and **before** your Export modules you should " +"find two RelateObjects modules. One relates Nucleoli to Nuclei, while the " +"other relates Mitochondria to Cells." +msgstr "" +"**بعد** عملية القياس و**قبل** عملية التصدير، ستجد وحدتين من وحدات ربط " +"الكائنات. إحداهما تربط النوى بالنوى، بينما الأخرى تربط الميتوكوندريا " +"بالخلايا." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:434 +msgid "" +"Relating the objects allows you to create per-parent means (ie, for this " +"cell what is the average size of an individual mitochondrion) and calculate " +"distances from the child objects to the edge and/or the center of the parent" +" (ie how far is each nucleolus from the center of the nucleus)." +msgstr "" +"تتيح لك عملية ربط الكائنات إنشاء متوسطات لكل أصل (أي، بالنسبة لهذه الخلية ما" +" هو متوسط حجم الميتوكوندريون الفردي) وحساب المسافات من الكائنات الفرعية إلى " +"حافة و/أو مركز الأصل (أي ما هي المسافة بين كل نوية ومركز النواة)." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:440 +msgid "**Perform the analysis on ALL the images**" +msgstr "**قم بإجراء التحليل على جميع الصور**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:442 +msgid "15. **Run the pipeline (optional)**" +msgstr "15. **تشغيل خط الأنابيب (اختياري)**" + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:444 +msgid "" +"If you have time and/or if you’d like to play with the data in CellProfiler " +"Analyst later, exit test mode, close the eyes next to each module, and run " +"the pipeline" +msgstr "" +"إذا كان لديك وقت و/أو إذا كنت ترغب في تجربة البيانات في CellProfiler Analyst" +" لاحقًا، فاخرج من وضع الاختبار، وأغلق العينين بجوار كل وحدة، وشغّل مسار " +"البيانات." + +#: ../../source/AdvancedSegmentation/BBBC022_AnalysisExercise.md:447 +msgid "" +"The pipeline will create a database called BBBC022.db, containing the output" +" of all of the measurements you have added to your pipeline" +msgstr "" +"ستقوم هذه العملية بإنشاء قاعدة بيانات باسم BBBC022.db، تحتوي على مخرجات جميع" +" القياسات التي أضفتها إلى خط الأنابيب الخاص بك."