diff --git a/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/BeginnerSegmentation.po b/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/BeginnerSegmentation.po new file mode 100644 index 000000000..f7809a3db --- /dev/null +++ b/internal_use/docs/locale/ar/LC_MESSAGES/BeginnerSegmentation.po @@ -0,0 +1,2900 @@ +# SOME DESCRIPTIVE TITLE. +# Copyright (C) 2023, Imaging Platform +# This file is distributed under the same license as the cellprofiler-tutorials package. +# FIRST AUTHOR , YEAR. +# +# Translators: +# Beth Cimini, 2026 +# +#, fuzzy +msgid "" +msgstr "" +"Project-Id-Version: cellprofiler-tutorials\n" +"Report-Msgid-Bugs-To: \n" +"POT-Creation-Date: 2025-10-27 00:08+0000\n" +"PO-Revision-Date: 2023-12-13 22:27+0000\n" +"Last-Translator: Beth Cimini, 2026\n" +"Language-Team: Arabic (https://app.transifex.com/center-for-open-bioimage-analysis/teams/169339/ar/)\n" +"MIME-Version: 1.0\n" +"Content-Type: text/plain; charset=UTF-8\n" +"Content-Transfer-Encoding: 8bit\n" +"Language: ar\n" +"Plural-Forms: nplurals=6; plural=n==0 ? 0 : n==1 ? 1 : n==2 ? 2 : n%100>=3 && n%100<=10 ? 3 : n%100>=11 && n%100<=99 ? 4 : 5;\n" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:1 +msgid "" +"Interfacing CellProfiler with Other Software Tools via Files and Plugins" +msgstr "" +"ربط برنامج CellProfiler بأدوات برمجية أخرى عبر الملفات والمكونات الإضافية" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:3 +msgid "" +"Beth Cimini and Erin Weisbart\\ Imaging Platform, Broad Institute of MIT and" +" Harvard, Cambridge, MA." +msgstr "" +"بيث سيميني وإيرين وايزبارت، منصة التصوير، معهد برود التابع لمعهد ماساتشوستس " +"للتكنولوجيا وجامعة هارفارد، كامبريدج، ماساتشوستس." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:6 +msgid "Preparation" +msgstr "تحضير" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:8 +msgid "Download and install [CellProfiler](https://cellprofiler.org/)." +msgstr "قم بتنزيل وتثبيت [CellProfiler](https://cellprofiler.org/)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:9 +msgid "" +"Download and install [Docker " +"Desktop](https://www.docker.com/products/docker-desktop/) (recommended for " +"less computationally comfortable users) or [Podman " +"Desktop](https://podman.io) (an alternative to Docker for more " +"computationally comfortable users)." +msgstr "" +"قم بتنزيل وتثبيت [Docker Desktop](https://www.docker.com/products/docker-" +"desktop/) (موصى به للمستخدمين الأقل خبرة في الحوسبة) أو [Podman " +"Desktop](https://podman.io) (بديل لـ Docker للمستخدمين الأكثر خبرة في " +"الحوسبة)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:10 +msgid "" +"Download at least one RunCellpose Docker and one ilastik Docker from " +"Dockerhub. This will happen automatically the first time you call a given " +"Docker from CellProfiler (i.e. run a CellProfiler pipeline that uses the " +"Docker) but if you are running this tutorial in a workshop setting we " +"strongly recommend download in advance of the workshop as these are large " +"files (5-10 GB) and bandwidth is often limited in a workshop setting. In " +"Docker Desktop or Podman Desktop you can search for containers in the top " +"search bar (see below). Make sure you select a tag (version) that is " +"supported by the plugin you are using and then select \"Pull\". We recommend" +" `biocontainers/ilastik:1.4.0_cv2` for ilastik and " +"`cellprofiler/runcellpose_with_pretrained:3.1.2.2` for Cellpose." +msgstr "" +"قم بتنزيل حاوية Docker واحدة على الأقل لـ RunCellpose وحاوية Docker واحدة لـ" +" ilastik من Dockerhub. سيتم ذلك تلقائيًا عند استدعاء أي حاوية Docker من " +"CellProfiler لأول مرة (أي عند تشغيل مسار CellProfiler الذي يستخدم حاوية " +"Docker). ولكن إذا كنت تُجري هذا البرنامج التعليمي في ورشة عمل، فننصح بشدة " +"بالتنزيل مسبقًا، نظرًا لكبر حجم هذه الملفات (5-10 جيجابايت) ومحدودية النطاق " +"الترددي في ورش العمل. في Docker Desktop أو Podman Desktop، يمكنك البحث عن " +"الحاويات في شريط البحث العلوي (انظر أدناه). تأكد من تحديد إصدار (علامة) " +"مدعوم من قِبل الملحق الذي تستخدمه، ثم انقر على \"سحب\". نوصي باستخدام " +"`biocontainers/ilastik:1.4.0_cv2` لـ ilastik " +"و`cellprofiler/runcellpose_with_pretrained:3.1.2.2` لـ Cellpose." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:15 +msgid "" +"Download the example images from the Beginner Segmentation Tutorial. [Click " +"here for " +"download](https://github.com/CellProfiler/tutorials/raw/master/BeginnerSegmentation/Archive_EN.zip)." +" (Delete/ignore the pipelines; we will just use the images.)" +msgstr "" +"حمّل الصور النموذجية من دليل تجزئة الصور للمبتدئين. [انقر هنا " +"للتحميل](https://github.com/CellProfiler/tutorials/raw/master/BeginnerSegmentation/Archive_EN.zip)." +" (احذف/تجاهل مسارات المعالجة؛ سنستخدم الصور فقط.)" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:18 +msgid "" +"Download the pipelines/materials for this tutorial. [Click here for " +"download](https://github.com/CellProfiler/tutorials/raw/master/BeginnerSegmentation/bonus_materials_EN.zip)." +msgstr "" +"قم بتنزيل ملفات/مواد هذا الدرس التعليمي. [انقر هنا " +"للتنزيل](https://github.com/CellProfiler/tutorials/raw/master/BeginnerSegmentation/bonus_materials_EN.zip)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:20 +msgid "" +"(Optional but recommended) Download and install " +"[ilastik](https://www.ilastik.org/download)." +msgstr "" +"(اختياري ولكن يُنصح به) قم بتنزيل وتثبيت " +"[ilastik](https://www.ilastik.org/download)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:21 +msgid "" +"(Optional but recommended) Clone (i.e. download whole) the Cellprofiler-" +"plugins repository. In your terminal type `git clone " +"https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins.git`. Alternatively, " +"download just the [Runilastik " +"plugin](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins/blob/master/active_plugins/runilastik.py) and [RunCellpose " +"plugin](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins/blob/master/active_plugins/runcellpose.py) by selecting the " +"\"Download raw file\" button." +msgstr "" +"(اختياري ولكن يُنصح به) استنسخ (أي نزّل كامل) مستودع Cellprofiler-plugins. " +"اكتب في سطر الأوامر `git clone https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins.git`. أو بدلاً من ذلك، نزّل فقط [Runilastik " +"plugin](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins/blob/master/active_plugins/runilastik.py) و[RunCellpose " +"plugin](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins/blob/master/active_plugins/runcellpose.py) بالضغط على زر \"تنزيل " +"الملف الخام\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:29 +msgid "Search in Docker Desktop for your desired container" +msgstr "ابحث في Docker Desktop عن الحاوية التي تريدها" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:32 +msgid "Background information" +msgstr "معلومات أساسية" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:34 +msgid "General background information" +msgstr "معلومات أساسية عامة" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:36 +msgid "" +"This exercise is meant to extend and build upon the Beginner Segmentation " +"exercise available from [the CellProfiler tutorials " +"page](tutorials.cellprofiler.org). Please consult that tutorial for general " +"information on how to configure CellProfiler as well as information about " +"the images. It will be generally assumed you understand the modules covered " +"in that tutorial, including input, object creation, overlays, and saving." +msgstr "" +"يهدف هذا التمرين إلى توسيع نطاق تمرين تجزئة الصور للمبتدئين، والمتوفر على " +"صفحة دروس CellProfiler التعليمية (tutorials.cellprofiler.org)، والبناء عليه." +" يُرجى مراجعة ذلك الدرس التعليمي للاطلاع على معلومات عامة حول كيفية تهيئة " +"CellProfiler، بالإضافة إلى معلومات حول الصور. يُفترض عمومًا أنك على دراية " +"بالوحدات التي يغطيها ذلك الدرس التعليمي، بما في ذلك الإدخال، وإنشاء " +"الكائنات، والتراكبات، والحفظ." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:40 +msgid "What is this exercise?" +msgstr "ما هو هذا التمرين؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:42 +msgid "" +"While CellProfiler is an image analysis tool itself, it also serves as a " +"workflow manager that can interact with other tools, automatically passing " +"data back and forth so that you can effectively use other tools within a " +"single CellProfiler pipeline. This means in a hypothetical pipeline you have" +" have CellProfiler do steps 1 and 2, Tool A do step 3, Tool B do step 4, and" +" CellProfiler do step 5 all while configuring Tools A and B within " +"CellProfiler and without having to handle data import or export from other " +"tools. In this tutorial, you'll explore 3 different ways of accessing work " +"done in other tools:" +msgstr "" +"على الرغم من أن CellProfiler أداة لتحليل الصور بحد ذاتها، إلا أنها تعمل " +"أيضًا كمدير سير عمل يتفاعل مع أدوات أخرى، حيث ينقل البيانات تلقائيًا بينها، " +"مما يتيح لك استخدام الأدوات الأخرى بكفاءة ضمن مسار عمل CellProfiler واحد. " +"هذا يعني أنه في مسار عمل افتراضي، يمكنك جعل CellProfiler يُنفذ الخطوتين 1 " +"و2، والأداة A تُنفذ الخطوة 3، والأداة B تُنفذ الخطوة 4، ثم يُنفذ " +"CellProfiler الخطوة 5، كل ذلك مع ضبط إعدادات الأداتين A وB داخل " +"CellProfiler، ودون الحاجة إلى استيراد أو تصدير البيانات من أدوات أخرى. في " +"هذا الدرس، ستتعرف على 3 طرق مختلفة للوصول إلى العمل المنجز في أدوات أخرى:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:46 +msgid "" +"Loading masks created by other segmentation tools (in this case, " +"[Cellpose](https://www.cellpose.org/), but the same strategy works for many " +"tools which use this format)." +msgstr "" +"تحميل الأقنعة التي تم إنشاؤها بواسطة أدوات التجزئة الأخرى (في هذه الحالة، " +"[Cellpose](https://www.cellpose.org/)، ولكن نفس الاستراتيجية تعمل مع العديد " +"من الأدوات التي تستخدم هذا التنسيق)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:47 +msgid "" +"Accessing [ilastik](https://www.ilastik.org/) to use a trained pixel " +"classification model via CellProfiler's plugins system." +msgstr "" +"الوصول إلى [ilastik](https://www.ilastik.org/) لاستخدام نموذج تصنيف البكسل " +"المدرب عبر نظام المكونات الإضافية لـ CellProfiler." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:48 +msgid "" +"Running Cellpose in CellProfiler via CellProfiler's plugins system and a " +"Docker container." +msgstr "" +"تشغيل Cellpose في CellProfiler عبر نظام المكونات الإضافية الخاص بـ " +"CellProfiler وحاوية Docker." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:50 +msgid "Plugins" +msgstr "الإضافات" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:52 +msgid "" +"CellProfiler has a number of plugins that act like modules within a " +"pipeline. Plugins are available [on " +"Github](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-plugins). Read more " +"about them in [CellProfiler plugins documentation](plugins.cellprofiler.org)" +" to learn more. To quote from that site:" +msgstr "" +"يحتوي CellProfiler على عدد من الإضافات التي تعمل كوحدات ضمن مسار المعالجة. " +"تتوفر هذه الإضافات على GitHub. اقرأ المزيد عنها في وثائق إضافات CellProfiler" +" على الموقع الإلكتروني plugins.cellprofiler.org. (مقتبس من الموقع):" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:57 +msgid "" +"Plugins advance the capabilities of CellProfiler but are not officially " +"supported in the same way as modules. A module may be in CellProfiler-" +"plugins instead of CellProfiler itself because:" +msgstr "" +"تُحسّن الإضافات إمكانيات CellProfiler، لكنها لا تحظى بدعم رسمي مماثل للوحدات" +" النمطية. قد توجد الوحدة النمطية في مجلد CellProfiler-plugins بدلاً من " +"CellProfiler نفسه للأسباب التالية:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:60 +msgid "it is under active development" +msgstr "وهو قيد التطوير النشط" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:61 +msgid "it has a niche audience" +msgstr "لديها جمهور متخصص" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:62 +msgid "it is not documented to CellProfiler’s standards" +msgstr "لم يتم توثيق ذلك وفقًا لمعايير CellProfiler" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:63 +msgid "it only works with certain versions of CellProfiler" +msgstr "لا يعمل إلا مع إصدارات معينة من CellProfiler" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:64 +msgid "" +"it requires extra libraries or other dependencies we are unable or unwilling" +" to require for CellProfiler" +msgstr "" +"يتطلب ذلك مكتبات إضافية أو تبعيات أخرى لا نستطيع أو لا نرغب في طلبها لبرنامج" +" CellProfiler" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:65 +msgid "it has been contributed by a community member" +msgstr "تمت المساهمة بها من قبل أحد أعضاء المجتمع" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:68 +msgid "" +"While that documentation has instructions for [installing " +"plugins](https://plugins.cellprofiler.org/using_plugins.html#installing-" +"plugins-without-dependencies), in step 2 it suggests downloading all of the " +"CellProfiler plugins. This isn't a bad thing to do, but you can download " +"individual plugins from GitHub with the website button below as well or by " +"using GitHub's \"Download Raw Files\" button." +msgstr "" +"على الرغم من أن تلك الوثائق تتضمن تعليمات لتثبيت الإضافات، إلا أنها تقترح في" +" الخطوة الثانية تنزيل جميع إضافات CellProfiler. وهذا ليس بالأمر السيئ، ولكن " +"يمكنك أيضًا تنزيل الإضافات بشكل فردي من GitHub باستخدام زر الموقع الإلكتروني" +" أدناه أو باستخدام زر \"تنزيل الملفات الخام\" على GitHub." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:74 +msgid "GitHub's \"Download Raw Files\" button" +msgstr "زر \"تنزيل الملفات الخام\" في GitHub" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:79 +msgid "" +"We strongly recommend making a dedicated folder to store your CellProfiler " +"plugins, as loading can be slow if there are a lot of other miscellaneous " +"files around (such if they sit in the Downloads folder, for example)." +msgstr "" +"نوصي بشدة بإنشاء مجلد مخصص لتخزين ملحقات CellProfiler الخاصة بك، حيث يمكن أن" +" يكون التحميل بطيئًا إذا كان هناك الكثير من الملفات المتنوعة الأخرى (على " +"سبيل المثال، إذا كانت موجودة في مجلد التنزيلات)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:82 +msgid "Docker Desktop" +msgstr "سطح مكتب Docker" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:84 +msgid "" +"In our tutorial, we want to access software that we can't or don't want to " +"install onto our local computer. (Deep learning tools like Cellpose are " +"often very difficult to install and ilastik may not play nicely with other " +"tools' multiprocessing setup.) To circumvent these issues, we use " +"**containers**. Computer scientists will often use software **containers** " +"to ship tools or data that are hard to install - here is a good " +"[introduction and overview to " +"containers](https://journals.sagepub.com/doi/10.1177/25152459211017853) for " +"non-computer scientists. You can think of containers as \"a pre-configured " +"operating system in a box\". Because they come to you pre-configured, " +"installation of any software happens once-and-only-once (by the creator of " +"the container, not by you), and should stay working for a long time. (e.g. " +"You don't have to worry about an upgrade to your laptop breaking a certain " +"older software you have installed on it.) Groups like " +"[biocontainers](https://biocontainers.pro/) have already containerized many " +"of the tools you know and love. There are a number of types of software " +"containers, but one of the most common is called a **Docker** container." +msgstr "" +"في هذا الدرس، نرغب في الوصول إلى برامج لا يمكننا أو لا نرغب في تثبيتها على " +"أجهزتنا المحلية. (غالبًا ما تكون أدوات التعلم العميق مثل Cellpose صعبة " +"التثبيت، وقد لا يتوافق برنامج ilastik مع إعدادات المعالجة المتعددة لأدوات " +"أخرى). لتجاوز هذه المشكلات، نستخدم **الحاويات**. يستخدم علماء الحاسوب عادةً " +"**حاويات** البرامجية لتوزيع الأدوات أو البيانات التي يصعب تثبيتها - إليك " +"[مقدمة ونظرة عامة جيدة عن " +"الحاويات](https://journals.sagepub.com/doi/10.1177/25152459211017853) لغير " +"المتخصصين في علوم الحاسوب. يمكنك اعتبار الحاويات بمثابة \"نظام تشغيل مُهيأ " +"مسبقًا داخل صندوق\". نظرًا لأنها تأتي مُهيأة مسبقًا، فإن تثبيت أي برنامج يتم" +" مرة واحدة فقط (من قِبل مُنشئ الحاوية، وليس من قِبلك)، ومن المفترض أن يستمر " +"في العمل لفترة طويلة. (على سبيل المثال، لا داعي للقلق بشأن تعطل البرامج " +"القديمة المثبتة على حاسوبك المحمول عند تحديثه). قامت مجموعات مثل " +"[biocontainers](https://biocontainers.pro/) بتحويل العديد من الأدوات التي " +"تعرفها وتستخدمها إلى حاويات. توجد أنواع عديدة من حاويات البرامج، ولكن من " +"أكثرها شيوعًا حاوية **Docker**." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:94 +msgid "" +"Most life scientists aren't aware of or don't use containers, especially " +"because typical usage involves accessing them via your terminal. But you can" +" use Docker without using a terminal! CellProfiler has plugins that are " +"specifically set up to call other tools that live (and are executed) inside " +"Docker containers." +msgstr "" +"معظم علماء الأحياء لا يدركون وجود الحاويات أو لا يستخدمونها، خاصةً وأن " +"الاستخدام المعتاد لها يتم عبر سطر الأوامر. لكن يمكنك استخدام Docker دون " +"الحاجة إلى سطر الأوامر! يحتوي CellProfiler على إضافات مصممة خصيصًا لاستدعاء " +"أدوات أخرى تعمل داخل حاويات Docker." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:98 +msgid "" +"To do this, CellProfiler needs to have the infrastructure for Docker " +"containers up and running, which you can give it by installing a program " +"called [**Docker Desktop**](https://www.docker.com/products/docker-" +"desktop/). You don't need to make an account to use it, but you probably " +"will need to reboot your computer after installation is complete. [Podman " +"Desktop](https://podman.io) is an alternative to Docker that CellProfiler " +"also supports for more computationally comfortable users. Then, whenever you" +" want to use a Docker-calling plugin in CellProfiler, you simply must make " +"sure that Docker Desktop (or Podman Desktop) is open and running and " +"CellProfiler will take care of everything else!" +msgstr "" +"للقيام بذلك، يحتاج CellProfiler إلى بنية تحتية جاهزة لتشغيل حاويات Docker، " +"ويمكنك توفيرها له بتثبيت برنامج Docker Desktop. لا تحتاج إلى إنشاء حساب " +"لاستخدامه، ولكن قد تحتاج إلى إعادة تشغيل جهاز الكمبيوتر بعد اكتمال التثبيت. " +"يُعد Podman Desktop بديلاً لـ Docker يدعمه CellProfiler أيضًا للمستخدمين ذوي" +" الخبرة الحاسوبية الأكبر. بعد ذلك، عندما ترغب في استخدام إضافة Docker في " +"CellProfiler، ما عليك سوى التأكد من أن Docker Desktop (أو Podman Desktop) " +"مفتوح ويعمل، وسيتولى CellProfiler باقي الأمور!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:107 +msgid "" +"The Docker Desktop interface for Mac. Containers can be searched for in the " +"top search bar." +msgstr "" +"واجهة Docker Desktop لنظام التشغيل Mac. يمكن البحث عن الحاويات في شريط البحث" +" العلوي." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:111 +msgid "" +"Anytime you're installing a program that can run other programs, you must of" +" course be careful. Dockers give you access to a huge variety of tools that " +"might otherwise be hard to install (or install together), but exercise " +"caution in only running containers you recognize or trust!" +msgstr "" +"عند تثبيت أي برنامج يمكنه تشغيل برامج أخرى، يجب توخي الحذر. توفر لك حاويات " +"Docker إمكانية الوصول إلى مجموعة واسعة من الأدوات التي قد يصعب تثبيتها (أو " +"تثبيتها معًا) بطرق أخرى، ولكن احرص على تشغيل الحاويات التي تعرفها أو تثق بها" +" فقط!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:115 +msgid "**Exercise 1: Importing masks from another segmentation tool**" +msgstr "**التمرين 1: استيراد الأقنعة من أداة تجزئة أخرى**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:117 +msgid "" +"In this exercise, we will be loading in *label masks* (sometimes also called" +" *label matrices*) made in Cellpose. Simply, a label mask is an image in " +"which all the background pixels have a value of 0, all the pixels of object " +"1 have a value of 1, all the pixels of object 2 have a value of 2, etc. It " +"is a commonly used format by many tools that do object segmentation (though " +"unsuitable for applications where you have overlapping objects). Since many " +"tools (including CellProfiler) can make these masks, CellProfiler has the " +"ability to read them in and automatically detect the objects in them." +msgstr "" +"في هذا التمرين، سنقوم بتحميل *أقنعة التصنيف* (وتُسمى أحيانًا *مصفوفات " +"التصنيف*) المُنشأة في Cellpose. ببساطة، قناع التصنيف هو صورة تكون فيها جميع " +"بكسلات الخلفية بقيمة 0، وجميع بكسلات الكائن 1 بقيمة 1، وجميع بكسلات الكائن 2" +" بقيمة 2، وهكذا. وهو تنسيق شائع الاستخدام في العديد من أدوات تجزئة الكائنات " +"(مع أنه غير مناسب للتطبيقات التي تتضمن كائنات متداخلة). وبما أن العديد من " +"الأدوات (بما فيها CellProfiler) قادرة على إنشاء هذه الأقنعة، فإن " +"CellProfiler لديه القدرة على قراءتها والكشف التلقائي عن الكائنات الموجودة " +"فيها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:122 +msgid "" +"We've used Cellpose 2.2.2 to generate nuclear masks from the DNA images and " +"cell masks from the ActinGolgi images." +msgstr "" +"لقد استخدمنا Cellpose 2.2.2 لإنشاء أقنعة نووية من صور الحمض النووي وأقنعة " +"خلوية من صور الأكتين جولجي." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:124 +msgid "Only if you are curious - how did we make these label masks?" +msgstr "فقط إذا كنت فضوليًا - كيف صنعنا هذه الأقنعة ذات الملصقات؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:126 +msgid "" +"Cellpose was installed in a conda environment according to the [official " +"instructions](https://github.com/MouseLand/cellpose?tab=readme-ov-" +"file#installation) for installation with the GUI. The software was started " +"in that conda environment using the command `cellpose`." +msgstr "" +"تم تثبيت Cellpose في بيئة conda وفقًا للتعليمات الرسمية للتثبيت باستخدام " +"واجهة المستخدم الرسومية. تم تشغيل البرنامج في بيئة conda باستخدام الأمر " +"`cellpose`." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:129 +msgid "" +"Nuclear masks were made by dragging each DNA image into the GUI, selecting " +"the 'nuclei' model with default settings, and then saving them individually " +"as PNG using *Cmd+N* (Mac) *Ctl+N* (Windows). Since there were only 10 " +"images and the hotkeys were available, this was not too time-consuming to " +"do." +msgstr "" +"تم إنشاء أقنعة النوى عن طريق سحب كل صورة من صور الحمض النووي إلى واجهة " +"المستخدم الرسومية، ثم اختيار نموذج \"النوى\" بالإعدادات الافتراضية، وحفظها " +"بشكل فردي بصيغة PNG باستخدام *Cmd+N* (نظام ماك) *Ctrl+N* (نظام ويندوز). وبما" +" أن عدد الصور كان عشرًا فقط، وكانت اختصارات لوحة المفاتيح متاحة، لم تستغرق " +"هذه العملية وقتًا طويلًا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:135 +msgid "Nuclei segmented in the Cellpose GUI" +msgstr "تم تقسيم النوى في واجهة المستخدم الرسومية لبرنامج Cellpose" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:138 +msgid "" +"Cell masks were made by navigating into the image folder and then running " +"the command below; this requires some knowledge of the [Cellpose command " +"line syntax](https://cellpose.readthedocs.io/en/latest/cli.html) but is much" +" easier for large numbers of images." +msgstr "" +"تم إنشاء أقنعة الخلايا عن طريق الانتقال إلى مجلد الصور ثم تشغيل الأمر أدناه؛" +" وهذا يتطلب بعض المعرفة بـ [صيغة سطر أوامر " +"Cellpose](https://cellpose.readthedocs.io/en/latest/cli.html) ولكنه أسهل " +"بكثير بالنسبة لعدد كبير من الصور." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:140 +msgid "" +"`python -m cellpose --dir . --img_filter Ch4 --pretrained_model cyto2 " +"--diameter 40 --save_png --verbose`" +msgstr "" +"`python -m cellpose --dir . --img_filter Ch4 --pretrained_model cyto2 " +"--diameter 40 --save_png --verbose`" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:146 +msgid "Command line execution of Cellpose" +msgstr "تنفيذ Cellpose عبر سطر الأوامر" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:149 +msgid "Loading the label masks into CellProfiler" +msgstr "تحميل أقنعة التصنيفات في برنامج CellProfiler" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:151 +msgid "" +"Open up a clean copy of CellProfiler (or run File -> New Project) and drag " +"`bonus_1_import_masks.cppipe` into the pipeline panel." +msgstr "" +"افتح نسخة نظيفة من CellProfiler (أو قم بتشغيل File -> New Project) واسحب " +"`bonus_1_import_masks.cppipe` إلى لوحة خط الأنابيب." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:152 +msgid "" +"Drag the `images_Illum-corrected` subfolder from the main Beginner " +"Segmentation exercise and also the `cellpose_masks_cells` subfolder from " +"this exercise. *Do not drag in the `cellpose_masks_nuclei` folder.*" +msgstr "" +"اسحب المجلد الفرعي `images_Illum-corrected` من تمرين تجزئة الصور للمبتدئين " +"الرئيسي، وكذلك المجلد الفرعي `cellpose_masks_cells` من هذا التمرين. *لا تسحب" +" المجلد `cellpose_masks_nuclei`.*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:153 +msgid "" +"Put CellProfiler into TestMode \"Start, open the eye icon \"Eye next to OverlayOutlines, and then hit the " +"step button \"Step 3 times to create a classical segmentation and compare it with " +"the Cellpose-generated version. You can check the settings in the " +"OverlayOutlines module to see which outline color corresponds to which " +"segmentation in the output." +msgstr "" +"ضع برنامج CellProfiler في وضع الاختبار \"Start، وافتح أيقونة العين \"Eye بجوار " +"OverlayOutlines، ثم اضغط على زر الخطوة \"Step ثلاث " +"مرات لإنشاء تجزئة تقليدية ومقارنتها بالنسخة التي أنشأها برنامج Cellpose. " +"يمكنك مراجعة الإعدادات في وحدة OverlayOutlines لمعرفة لون الخط الخارجي الذي " +"يتوافق مع كل تجزئة في الناتج." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:153 +msgid "Start Test Mode Button" +msgstr "زر بدء وضع الاختبار" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:153 +msgid "Eye Icon" +msgstr "رمز العين" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:153 +msgid "Step Button" +msgstr "زر الدخول" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:154 +msgid "" +"Optionally, open the Workspace Viewer using the View Workspace button \"View to create easily on-the-fly customizable overlays." +msgstr "" +"اختيارياً، افتح عارض مساحة العمل باستخدام زر عرض مساحة العمل \"View لإنشاء طبقات قابلة للتخصيص بسهولة أثناء التنقل." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:154 +msgid "View Workspace Button" +msgstr "زر عرض مساحة العمل" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:155 +msgid "" +"Hit the Next Image Set button\"Next and repeat a couple of times " +"to examine the segmentations on more images." +msgstr "" +"اضغط على زر مجموعة الصور التالية \"Next وكرر ذلك عدة مرات لفحص التجزئة على المزيد من الصور." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:155 +msgid "Next Image Set button" +msgstr "زر تعيين الصورة التالية" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:157 +msgid "Question for you" +msgstr "سؤال لك" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:158 +msgid "" +"Are there cases where you think classical segmentation typically performs " +"better? Where Cellpose performs better?" +msgstr "" +"هل هناك حالات تعتقد فيها أن التجزئة التقليدية تؤدي أداءً أفضل عادةً؟ وحالات " +"أخرى يكون فيها أداء Cellpose أفضل؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:165 +msgid "Visualization of images and objects in the Workspace Viewer" +msgstr "عرض الصور والأشياء في عارض مساحة العمل" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:168 +msgid "Reverse engineer how this worked" +msgstr "قم بتحليل كيفية عمل ذلك." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:170 +msgid "Open the NamesAndTypes module." +msgstr "افتح وحدة الأسماء والأنواع." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:171 +msgid "" +"Scroll down in NamesAndTypes to find the entry that adds the masks - is " +"there any setting you notice about it that is different than for the other " +"images?" +msgstr "" +"قم بالتمرير لأسفل في قسم \"الأسماء والأنواع\" للعثور على الإدخال الذي يضيف " +"الأقنعة - هل هناك أي إعداد تلاحظه يختلف عن الصور الأخرى؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:172 +msgid "" +"Find the entry in NamesAndTypes that has 2 rules the image has to pass, not " +"just one - do you understand why that is?" +msgstr "" +"ابحث عن المدخل في NamesAndTypes الذي يحتوي على قاعدتين يجب أن تستوفيهما " +"الصورة، وليس قاعدة واحدة فقط - هل تفهم السبب؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:174 +msgid "Bonus-to-the-Bonus - add the provided nuclear segmentations as well" +msgstr "إضافة إلى ذلك، أضف تقسيمات النواة المتوفرة أيضًا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:176 +msgid "" +"Drag and drop the `cellpose_masks_nuclei` folder in the Images module to add" +" the nuclear masks to the image list." +msgstr "" +"قم بسحب وإفلات مجلد `cellpose_masks_nuclei` في وحدة الصور لإضافة الأقنعة " +"النووية إلى قائمة الصور." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:177 +msgid "" +"Go to the NamesAndTypes module and configure it so both kinds of masks can " +"be loaded (hint: there's a duplicate button you can use to make a second " +"copy of a channel!)" +msgstr "" +"انتقل إلى وحدة NamesAndTypes وقم بتهيئتها بحيث يمكن تحميل كلا النوعين من " +"الأقنعة (تلميح: يوجد زر تكرار يمكنك استخدامه لإنشاء نسخة ثانية من القناة!)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:179 +msgid "" +"You'll probably have to modify the existing settings for loading the cell " +"masks by changing its rule or adding a second rule. Do you understand " +"how/why?" +msgstr "" +"ربما ستحتاج إلى تعديل الإعدادات الحالية لتحميل أقنعة الخلايا عن طريق تغيير " +"القاعدة أو إضافة قاعدة ثانية. هل تفهم كيف ولماذا؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:181 +msgid "**Exercise 2: Running ilastik locally or from a Docker container**" +msgstr "**التمرين الثاني: تشغيل برنامج ilastik محليًا أو من حاوية Docker**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:183 +msgid "" +"Classical segmentation requires the thing you care about in an image be " +"bright and every single other pixel dark(er). If you have a good clean " +"fluorescent signal for the thing you care about, great! If not, you may need" +" to resort to some tricks, or use another tool such as a pixel classifier." +msgstr "" +"يتطلب التجزئة التقليدية أن يكون العنصر الذي يهمك في الصورة ساطعًا، بينما " +"تكون جميع البكسلات الأخرى داكنة (أو أغمق). إذا كان لديك إشارة فلورية واضحة " +"للعنصر الذي يهمك، فهذا ممتاز! وإلا، فقد تحتاج إلى اللجوء إلى بعض الحيل، أو " +"استخدام أداة أخرى مثل مصنف البكسلات." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:187 +msgid "" +"A pixel classifier is a classifier trained on a pixel-by-pixel basis to say " +"\"here is what I think is the likelihood that this is a pixel you want to " +"end up in your segmentation\". This classifier then ends up creating for " +"each pixel a *probability value* that corresponds to how likely it thinks " +"it is you want to segment that pixel. If your classifier is good, that will " +"give you an image where the pixels you care about are high-probability " +"(bright) and everywhere else is low-probability (dark). That's exactly what " +"we want! Life scientists tend to call this **\"Pixel Classification\"**; " +"computer scientists will sometimes refer to it as **\"Semantic " +"Segmentation\"**." +msgstr "" +"مصنف البكسل هو مصنف يُدرَّب على أساس كل بكسل على حدة ليقول: \"هذا هو احتمال " +"أن يكون هذا البكسل هو ما تريد إدراجه في عملية التجزئة\". ثم يُنشئ هذا المصنف" +" لكل بكسل قيمة احتمالية تُشير إلى مدى احتمالية إدراجه في عملية التجزئة. إذا " +"كان المصنف جيدًا، فسيُنتج صورةً تكون فيها البكسلات المهمة ذات احتمالية عالية" +" (ساطعة)، بينما تكون باقي البكسلات ذات احتمالية منخفضة (داكنة). هذا هو " +"المطلوب تمامًا! يُطلق علماء الأحياء على هذه العملية اسم \"تصنيف البكسل\"، " +"بينما يُشير إليها علماء الحاسوب أحيانًا باسم \"التجزئة الدلالية\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:193 +msgid "" +"We like to use ilastik for pixel classification because it makes it easy to " +"automate creating a classifier from a very small number of images and then " +"bulk-applying it to many others in \"Batch Processing\" mode. You can check " +"out a tutorial we have written for running ilastik, and *then* CellProfiler " +"at [tutorials.cellprofiler.org](https://tutorials.cellprofiler.org/) (look " +"for Pixel-based Classification). Fiji has a few popular plugins for pixel " +"classification, including Weka Trainable Segmentation and Labkit, and you " +"should absolutely use them if they work better for you!" +msgstr "" +"نُفضّل استخدام ilastik لتصنيف البكسلات لأنه يُسهّل أتمتة إنشاء مُصنِّف من " +"عدد قليل جدًا من الصور، ثم تطبيقه دفعةً واحدة على العديد من الصور الأخرى في " +"وضع \"المعالجة الدفعية\". يُمكنكم الاطلاع على دليلنا الإرشادي لتشغيل " +"ilastik، ثم CellProfiler على الرابط " +"[tutorials.cellprofiler.org](https://tutorials.cellprofiler.org/) (ابحثوا عن" +" \"التصنيف القائم على البكسل\"). يحتوي Fiji على بعض الإضافات الشائعة لتصنيف " +"البكسلات، بما في ذلك Weka Trainable Segmentation وLabkit، وننصحكم بشدة " +"باستخدامها إذا كانت تُناسب احتياجاتكم بشكل أفضل!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:201 +msgid "ilastik's Batch Processing mode" +msgstr "وضع المعالجة الدفعية في إيلاستيك" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:204 +msgid "" +"Why do two steps though, when you can do one instead? In this tutorial we'll" +" take a pre-trained ilastik classifer and run it inside our CellProfiler " +"pipeline, so we can find and measure objects all in one step." +msgstr "" +"لماذا نقوم بخطوتين بينما يمكننا القيام بخطوة واحدة فقط؟ في هذا الدرس " +"التعليمي، سنستخدم مصنف ilastik المدرب مسبقًا ونشغله داخل مسار CellProfiler " +"الخاص بنا، حتى نتمكن من العثور على الكائنات وقياسها في خطوة واحدة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:206 +msgid "" +"You will need either ilastik or Docker Desktop (or Podman Desktop) installed" +" on your computer for this exercise. If using ilastik, make sure it is " +"CLOSED. If using Docker Desktop (or Podman Desktop), make sure it is OPEN. " +"We recommend installing ilastik because it is a good and helpful tool and " +"will allow you to do this exercise's bonus challenge." +msgstr "" +"ستحتاج إلى تثبيت إما ilastik أو Docker Desktop (أو Podman Desktop) على جهاز " +"الكمبيوتر الخاص بك لإتمام هذا التمرين. إذا كنت تستخدم ilastik، فتأكد من " +"إغلاقه. أما إذا كنت تستخدم Docker Desktop (أو Podman Desktop)، فتأكد من " +"تشغيله. نوصي بتثبيت ilastik لأنه أداة جيدة ومفيدة، وستُمكّنك من إتمام التحدي" +" الإضافي لهذا التمرين." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:212 +msgid "" +"If you are on Windows, execute RunIlastik in Local mode (working on an " +"installed copy of ilastik, rather than a copy inside a Docker file), this " +"exercise will work in TestMode, but not will not run in analysis mode - we " +"are working with the ilastik developers to determine why that is. This is " +"fine for the purpose of this exercise; if you have a lot of your own data " +"you want to run later, you can still use ilastik in a two step process, " +"and/or use Dockerized ilastik." +msgstr "" +"إذا كنت تستخدم نظام ويندوز، فقم بتشغيل RunIlastik في الوضع المحلي (أي العمل " +"على نسخة مثبتة من ilastik، وليس نسخة داخل ملف Docker). سيعمل هذا التمرين في " +"وضع الاختبار، لكنه لن يعمل في وضع التحليل - ونحن نعمل مع مطوري ilastik " +"لتحديد السبب. هذا مناسب لغرض هذا التمرين؛ إذا كان لديك الكثير من البيانات " +"الخاصة بك التي ترغب في تحليلها لاحقًا، فلا يزال بإمكانك استخدام ilastik في " +"عملية من خطوتين، أو استخدام ilastik المُحَوَّل إلى Docker." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:215 +msgid "Only if you are curious - how did we train the classifier?" +msgstr "فقط إذا كنت فضوليًا - كيف قمنا بتدريب المصنف؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:217 +msgid "" +"This classifer was made in ilastik 1.4.1b5 by training on 4 images " +"(A14_site1, E18_site1, D16_site1, and C12_site1) in which we labeled just " +"two classes: one class for nucleoli (yellow in the figure below), and one " +"class for every other part of the image (blue in the imag ebelow). One COULD" +" have made more classes, but this worked for our purposes." +msgstr "" +"تم إنشاء هذا المصنف باستخدام برنامج ilastik 1.4.1b5 من خلال تدريبه على 4 صور" +" (A14_site1، E18_site1، D16_site1، وC12_site1) حيث قمنا بتصنيف فئتين فقط: " +"فئة للنويات (باللون الأصفر في الشكل أدناه)، وفئة لكل جزء آخر من الصورة " +"(باللون الأزرق في الصورة أدناه). كان من الممكن إضافة المزيد من الفئات، لكن " +"هذا التصنيف كان مناسبًا لأغراضنا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:224 +msgid "Screenshot of this ilastik classifer" +msgstr "لقطة شاشة لهذا المصنف المرن" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:227 +msgid "" +"When using ilastik for fluorescence microscopy, you will likely get the best" +" performance if you **keep your annotations extremely minimal** - the " +"classifier you're going to use was trained by using 31 total pixels of " +"annotation across the 4 images (13 pixels of annotation inside nucleoli, and" +" 18 pixels outside of them). No image had more than 14 pixels annotated in " +"total. We strongly suggest you make your classifiers one pixel at a time, " +"doing point annotations! Resist the urge to draw squiggly lines all over the" +" image! This feels counterintuitive but we promise it's true. Learn more " +"about using ilastik in the Ask Erin, Dear Beth video podcast [Intro to Pixel" +" Classification in ilastik - Episode 11](https://youtu.be/XwjZpAHZ9SM) and " +"[How to Train a Pixel Classifier - Episode " +"13](https://youtu.be/0cLZVKUJGNw)." +msgstr "" +"عند استخدام برنامج ilastik في المجهر الفلوري، ستحصل على أفضل أداء على الأرجح" +" إذا **حافظت على الحد الأدنى من التعليقات التوضيحية** - تم تدريب المصنف الذي" +" ستستخدمه باستخدام 31 بكسلًا إجماليًا من التعليقات التوضيحية عبر الصور " +"الأربع (13 بكسلًا داخل النويات، و18 بكسلًا خارجها). لم تحتوي أي صورة على " +"أكثر من 14 بكسلًا مُعلَّمًا إجمالًا. ننصحك بشدة بإنشاء المصنفات بكسلًا " +"واحدًا في كل مرة، مع إضافة تعليقات توضيحية نقطية! تجنب رسم خطوط متعرجة في " +"جميع أنحاء الصورة! قد يبدو هذا غير منطقي، لكننا نؤكد لك أنه صحيح. تعرّف على " +"المزيد حول استخدام ilastik في بودكاست الفيديو Ask Erin, Dear Beth [مقدمة " +"لتصنيف البكسل في ilastik - الحلقة 11](https://youtu.be/XwjZpAHZ9SM) و[كيفية " +"تدريب مصنف البكسل - الحلقة 13](https://youtu.be/0cLZVKUJGNw)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:234 +msgid "Grab the Runilastik plugin" +msgstr "قم بتنزيل إضافة Runilastik" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:236 +msgid "" +"Download [the Runilastik " +"plugin](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins/blob/master/active_plugins/runilastik.py) into a folder on your " +"local computer. As stated above, we strongly suggest a folder that contains " +"ONLY plugins." +msgstr "" +"قم بتنزيل [إضافة Runilastik](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins/blob/master/active_plugins/runilastik.py) إلى مجلد على جهازك المحلي." +" وكما ذكرنا سابقًا، ننصح بشدة بإنشاء مجلد يحتوي على الإضافات فقط." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:238 +msgid "" +"In CellProfiler's File -> Preferences menu (CellProfiler -> Preferences in " +"Mac), set the `CellProfiler plugins directory` to the folder containing the " +"plugin." +msgstr "" +"في قائمة ملف -> تفضيلات CellProfiler (CellProfiler -> تفضيلات في نظام " +"التشغيل Mac)، قم بتعيين \"دليل ملحقات CellProfiler\" إلى المجلد الذي يحتوي " +"على الملحق." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:239 +msgid "Close and reopen CellProfiler in order to be able to load the plugin." +msgstr "أغلق برنامج CellProfiler ثم أعد فتحه لتتمكن من تحميل الملحق." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:241 +msgid "Load the Classifier" +msgstr "قم بتحميل المصنف" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:244 +msgid "" +"If using Docker, the very first time you execute the Runilastik module, it " +"will need to download a ~5GB file, which may be slow depending on your " +"internet connection (unless you downloaded it in preparation as we suggest " +"above). You only need to do this step once, however!" +msgstr "" +"إذا كنت تستخدم Docker، ففي أول مرة تُشغّل فيها وحدة Runilastik، ستحتاج إلى " +"تنزيل ملف بحجم 5 جيجابايت تقريبًا، وقد يستغرق ذلك وقتًا حسب سرعة اتصالك " +"بالإنترنت (إلا إذا قمت بتنزيله مسبقًا كما اقترحنا سابقًا). لكن عليك القيام " +"بهذه الخطوة مرة واحدة فقط!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:248 +msgid "" +"Drag `bonus_2_ilastik.cppipe` into the pipeline panel to load the pipeline." +msgstr "" +"اسحب الملف `bonus_2_ilastik.cppipe` إلى لوحة خط الأنابيب لتحميل خط الأنابيب." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:249 +msgid "" +"Drag the `images_Illum-corrected` subfolder from the main exercise into the " +"Images panel." +msgstr "" +"اسحب المجلد الفرعي `images_Illum-corrected` من التمرين الرئيسي إلى لوحة " +"الصور." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:250 +msgid "" +"Open the RunIlastik module, set the path to your project file " +"(`NucleoliDetection.ilp`)." +msgstr "" +"افتح وحدة RunIlastik، وقم بتعيين المسار إلى ملف مشروعك " +"(`NucleoliDetection.ilp`)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:251 +msgid "" +"If you have ilastik installed on your machine you can set the path to your " +"local installation of ilastik. Otherwise, change \"Runilatik in a " +"container\" to \"Docker\"." +msgstr "" +"إذا كان برنامج ilastik مثبتًا على جهازك، يمكنك تحديد مسار تثبيته المحلي. " +"وإلا، فغيّر \"Runilatik في حاوية\" إلى \"Docker\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:252 +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:323 +msgid "" +"You may wish to put a pause \"Pause\"/ next to SaveImages, or uncheck it , to keep it from saving images while you are exploring " +"this pipeline." +msgstr "" +"قد ترغب في وضع إيقاف مؤقت \"Pause\"/ بجوار SaveImages، أو إلغاء تحديده ، لمنعه من حفظ الصور أثناء استكشافك لهذه العملية." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:252 +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:323 +msgid "Pause" +msgstr "يوقف" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:252 +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:323 +msgid "Unchecked" +msgstr "غير مدقق" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:253 +msgid "" +"Put CellProfiler into TestMode by pressing the Start Test Mode button \"Start, open the eye icons \"Eye next to Runilastik and OverlayOutlines," +" and then hit the Run button \"Run\"/. You can check the settings in the " +"OverlayOutlines module to see which outline color corresponds to which " +"segmentation in the output." +msgstr "" +"ضع برنامج CellProfiler في وضع الاختبار بالضغط على زر \"بدء وضع الاختبار\" " +"(\"Start)، ثم افتح أيقونات العين (\"Eye) " +"بجوار \"تشغيل\" و\"تراكب الخطوط الخارجية\"، ثم اضغط على زر \"تشغيل\" (\"Run\"/). يمكنك مراجعة " +"الإعدادات في وحدة \"تراكب الخطوط الخارجية\" لمعرفة لون الخط الخارجي الذي " +"يتوافق مع كل تجزئة في المخرجات." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:253 +msgid "Start Test Mode" +msgstr "بدء وضع الاختبار" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:253 +msgid "Eye Open icon" +msgstr "أيقونة العين المفتوحة" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:253 +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:322 +msgid "Run" +msgstr "يجري" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:255 +msgid "Evaluate the Classifier" +msgstr "تقييم المصنف" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:257 +msgid "" +"Evaluate your prediction in Runilastik across a few image sets using " +"OverlayOutlines and/or the WorkspaceViewer" +msgstr "" +"قم بتقييم توقعاتك في Runilastik عبر عدة مجموعات من الصور باستخدام " +"OverlayOutlines و/أو WorkspaceViewer" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:259 +msgid "How well does it perform?" +msgstr "ما مدى جودة أدائه؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:260 +msgid "Does it perform worse on images it wasn't trained on?" +msgstr "هل يكون أداؤه أسوأ على الصور التي لم يتم تدريبه عليها؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:261 +msgid "" +"Are there cases where you think the ilastik model-based segmentation " +"performs better?" +msgstr "" +"هل هناك حالات تعتقد فيها أن تجزئة الصور القائمة على نموذج ilastik تؤدي أداءً" +" أفضل؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:262 +msgid "" +"Are there cases where you think the filtering-and-masking segmentation " +"performs better?" +msgstr "" +"هل هناك حالات تعتقد فيها أن تجزئة الصور باستخدام التصفية والإخفاء تؤدي أداءً" +" أفضل؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:268 +msgid "Screenshot of the Runilastik module" +msgstr "لقطة شاشة لوحدة Runilastik" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:275 +msgid "Evaluating segmentations in the Workspace Viewer" +msgstr "تقييم عمليات التجزئة في عارض مساحة العمل" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:278 +msgid "Bonus-to-the-Bonus - Train your own ilastik model" +msgstr "مكافأة إضافية - درّب نموذجك الخاص من الإيلاستيك" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:280 +msgid "" +"Based on your evaluations above, can you identify some places where " +"additional training might help fix some issues in the ilastik model? (To do " +"this, you will need ilastik downloaded on your computer.)" +msgstr "" +"بناءً على تقييماتك أعلاه، هل يمكنك تحديد بعض الجوانب التي قد يساعد فيها " +"التدريب الإضافي في حل بعض المشكلات في نموذج ilastik؟ (للقيام بذلك، ستحتاج " +"إلى تنزيل برنامج ilastik على جهاز الكمبيوتر الخاص بك)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:283 +msgid "Open `NucleoliDetection.ilp` in ilastik." +msgstr "افتح ملف `NucleoliDetection.ilp` في برنامج ilastik." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:284 +msgid "Navigate to the `Training` tab." +msgstr "انتقل إلى علامة التبويب \"التدريب\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:285 +msgid "Turn `LiveUpdate` on." +msgstr "قم بتشغيل \"التحديث المباشر\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:286 +msgid "" +"Pick an image you think needed some help and add (a very small number of " +"single-pixel) annotations. Did things get better or worse?" +msgstr "" +"اختر صورة تعتقد أنها بحاجة إلى بعض التحسين، وأضف إليها (عددًا قليلًا جدًا من" +" التعليقات التوضيحية أحادية البكسل). هل تحسّن الوضع أم ساء؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:288 +msgid "" +"Add some very large annotations (a long, squiggly line, for example) to one " +"image, then switch images in order to prove to yourself large annotations " +"can actually harm in some cases rather than help (if you want to save your " +"classifier, go back and use the eraser tool to delete these!)." +msgstr "" +"أضف بعض التعليقات التوضيحية الكبيرة جدًا (خط طويل متعرج، على سبيل المثال) " +"إلى صورة واحدة، ثم قم بتبديل الصور لإثبات لنفسك أن التعليقات التوضيحية " +"الكبيرة يمكن أن تضر في بعض الحالات بدلاً من أن تساعد (إذا كنت تريد حفظ " +"المصنف الخاص بك، فارجع واستخدم أداة الممحاة لحذف هذه التعليقات!)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:289 +msgid "" +"If you think you've sufficiently improved the prediction, save this model " +"and return to CellProfiler. Did it help in the cases where you thought it " +"would?" +msgstr "" +"إذا كنت تعتقد أنك حسّنت التنبؤ بشكل كافٍ، فاحفظ هذا النموذج وعد إلى " +"CellProfiler. هل أفادك في الحالات التي توقعت أن يفيدك فيها؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:292 +msgid "**Exercise 3: Running Cellpose from a Docker container**" +msgstr "**التمرين 3: تشغيل Cellpose من حاوية Docker**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:294 +msgid "" +"RunCellpose is by far our most popular plugin, simply because a) Cellpose is" +" awesome! and b) `conda` installing software when you aren't very " +"computationally comfortable isn't. You can use the plugin in either of two " +"modes - using a local `conda` or `python` installation that contains both " +"CellProfiler and Cellpose in the same environment, OR using Docker. The " +"module is quite a bit slower running Cellpose in Docker but this is a " +"worthwhile trade-off to the challenge and frustration of installation for " +"many people!" +msgstr "" +"يُعدّ RunCellpose الإضافة الأكثر شيوعًا لدينا، ببساطة لأنّ: أ) Cellpose " +"رائع! و ب) تثبيت البرامج باستخدام `conda` ليس بالأمر السهل، خاصةً لمن لا " +"يملكون خبرة كافية في الحوسبة. يمكنك استخدام الإضافة بطريقتين: إما باستخدام " +"تثبيت محلي لـ `conda` أو `python` يحتوي على كلٍ من CellProfiler وCellpose في" +" نفس البيئة، أو باستخدام Docker. صحيحٌ أن تشغيل Cellpose في Docker أبطأ " +"قليلًا، لكن هذه ميزةٌ تستحق التضحية بها مقابل صعوبة التثبيت وإحباطه بالنسبة " +"للكثيرين!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:298 +msgid "Start Docker Desktop" +msgstr "ابدأ تشغيل Docker Desktop" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:300 +msgid "" +"If you have not already installed Docker Desktop from the link above, please" +" do so! This may involve rebooting your computer." +msgstr "" +"إذا لم تقم بتثبيت Docker Desktop من الرابط أعلاه، فيرجى القيام بذلك! قد " +"يتطلب هذا إعادة تشغيل جهاز الكمبيوتر الخاص بك." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:301 +msgid "Start Docker Desktop." +msgstr "ابدأ تشغيل Docker Desktop." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:302 +msgid "" +"Optional but strongly recommended - once Docker Desktop opens, use the " +"search functionality to search `Cellpose` and look for a " +"`cellprofiler/runcellpose_with_pretrained` model and pull it (if you have " +"not already done so). If for whatever reason this isn't working, move on, " +"but it will save you some time later." +msgstr "" +"اختياري ولكن يُنصح به بشدة - بمجرد فتح Docker Desktop، استخدم خاصية البحث " +"للبحث عن `Cellpose` وابحث عن نموذج " +"`cellprofiler/runcellpose_with_pretrained` وقم بتنزيله (إن لم تكن قد فعلت " +"ذلك بالفعل). إذا لم ينجح هذا لأي سبب من الأسباب، فتابع، ولكن هذا سيوفر عليك " +"بعض الوقت لاحقًا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:305 +msgid "Grab the RunCellpose plugin" +msgstr "قم بتنزيل إضافة RunCellpose" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:307 +msgid "" +"Download [the plugin](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins/blob/master/active_plugins/runcellpose.py) into a folder on your " +"local computer. As stated above, we strongly suggest a folder that contains " +"ONLY plugins." +msgstr "" +"قم بتنزيل [الملحق](https://github.com/CellProfiler/CellProfiler-" +"plugins/blob/master/active_plugins/runcellpose.py) إلى مجلد على جهازك " +"المحلي. وكما ذكرنا سابقًا، ننصح بشدة بإنشاء مجلد يحتوي على الملحقات فقط." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:308 +msgid "" +"In CellProfiler's File -> Preferences menu, set the `CellProfiler plugins " +"directory` to the folder containing the plugin." +msgstr "" +"في قائمة \"ملف\" -> \"تفضيلات\" في برنامج CellProfiler، قم بتعيين \"دليل " +"ملحقات CellProfiler\" إلى المجلد الذي يحتوي على الملحق." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:309 +msgid "Close and reopen CellProfiler to load the plugin." +msgstr "أغلق برنامج CellProfiler ثم أعد فتحه لتحميل الملحق." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:311 +msgid "Load the pipeline and evaluate segmentation" +msgstr "قم بتحميل خط الأنابيب وتقييم التجزئة" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:314 +msgid "" +"If using Docker/Podman, the very first time you execute the RunCellpose " +"module, it will need to download a ~5GB-10GB file (depending on the verison " +"of Cellpose), which may be slow depending on your internet connection " +"(unless you downloaded it in preparation as we suggest above). You only need" +" to do this step once, however!" +msgstr "" +"في حال استخدام Docker/Podman، عند تشغيل وحدة RunCellpose لأول مرة، ستحتاج " +"إلى تنزيل ملف بحجم يتراوح بين 5 و10 جيجابايت (بحسب إصدار Cellpose)، وقد " +"يستغرق ذلك وقتًا أطول حسب سرعة اتصالك بالإنترنت (إلا إذا قمت بتنزيله مسبقًا " +"كما ذكرنا سابقًا). لكن هذه الخطوة لا تحتاج إلى تكرارها إلا مرة واحدة!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:318 +msgid "Drag `bonus_3_cellpose.cppipe` into the pipeline panel." +msgstr "اسحب الملف `bonus_3_cellpose.cppipe` إلى لوحة خط الأنابيب." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:319 +msgid "" +"Drag the `images_Illum-corrected` subfolder from the main exercise into the " +"Images module" +msgstr "" +"اسحب المجلد الفرعي `images_Illum-corrected` من التمرين الرئيسي إلى وحدة " +"الصور." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:320 +msgid "" +"Put CellProfiler into TestMode \"Start" +msgstr "" +"ضع CellProfiler في وضع الاختبار \"Start" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:320 +msgid "Start Test Mode button" +msgstr "زر بدء وضع الاختبار" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:321 +msgid "" +"If using Docker/Podman, and if you've already pre-downloaded a container, " +"ensure that the `Select Cellpose Docker image` setting in the `RunCellpose` " +"module matches the container you already downloaded." +msgstr "" +"إذا كنت تستخدم Docker/Podman، وإذا كنت قد قمت بالفعل بتنزيل حاوية مسبقًا، " +"فتأكد من أن إعداد \"Select Cellpose Docker image\" في وحدة \"RunCellpose\" " +"يطابق الحاوية التي قمت بتنزيلها بالفعل." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:322 +msgid "" +"Open the eye icons next to RunCellpose and OverlayOutlines, and then " +"hit Run \"Run\"/" +msgstr "" +"افتح أيقونات العين بجوار RunCellpose و OverlayOutlines، ثم اضغط على " +"تشغيل \"Run\"/" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:322 +msgid "Open Eye icon" +msgstr "أيقونة العين المفتوحة" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:324 +msgid "" +"As before, using OverlayOutlines and/or the WorkspaceViewer, evaluate " +"segmentation on a few images. Where is CellProfiler doing better, and where " +"is Cellpose doing better?" +msgstr "" +"كما في السابق، باستخدام OverlayOutlines و/أو WorkspaceViewer، قم بتقييم " +"تجزئة الصور. أين يتفوق CellProfiler، وأين يتفوق Cellpose؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:325 +msgid "" +"Use the Info button to learn more about the different parameters you can " +"pass to Cellpose (we don't offer all of them, but many!) - how does tweaking" +" these affect your output? How about changing the model you're using, and/or" +" the image you're segmenting?" +msgstr "" +"استخدم زر \"معلومات \" لمعرفة المزيد عن المعلمات المختلفة التي يمكنك تمريرها إلى " +"Cellpose (لا نوفر جميعها، ولكن العديد منها!) - كيف يؤثر تعديل هذه المعلمات " +"على مخرجاتك؟ ماذا عن تغيير النموذج الذي تستخدمه، و/أو الصورة التي تقوم " +"بتقسيمها؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:325 +msgid "Info" +msgstr "معلومات" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:331 +msgid "The output of the RunCellpose module" +msgstr "مخرجات وحدة RunCellpose" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:334 +msgid "Bonus-to-the-Bonus 1 - test on a more varied data set" +msgstr "مكافأة إضافية 1 - اختبار على مجموعة بيانات أكثر تنوعًا" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:336 +msgid "" +"The data we gave you in this exercise was all very clean, and all from the " +"negative control wells of this experiment. The [folder linked " +"here](https://drive.google.com/file/d/10kZMhr2bVR14vMP7kG5iZGujjUI3Nn3Y/view?usp=sharing)" +" contains images with a broader variety of phenotypes - try replacing the " +"images in the `Images` module with this folder instead and see how well the " +"two kinds of segmentation work in different conditions!" +msgstr "" +"كانت البيانات التي قدمناها لكم في هذا التمرين نقية تمامًا، وجميعها من عينات " +"التحكم السلبية لهذه التجربة. يحتوي المجلد المرفق هنا على صورٍ تتضمن مجموعةً " +"أوسع من الأنماط الظاهرية - جرّبوا استبدال الصور الموجودة في وحدة \"الصور\" " +"بهذا المجلد، ولاحظوا مدى فعالية نوعي التجزئة في ظروفٍ مختلفة!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:342 +msgid "" +"A broader range of phenotypes can be harder to consistently account for in " +"conducting segmentation." +msgstr "" +"قد يكون من الصعب مراعاة نطاق أوسع من الأنماط الظاهرية بشكل متسق عند إجراء " +"عملية التجزئة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:346 +msgid "" +"You’re encouraged to explore the performance in some random images on your " +"own (you can do this from the `Test` menu with the `Random Image Set` " +"option), but if you find yourself consistently ending up with images that " +"look similar you can try examining images from the following list of wells- " +"A08, A12, B12, B18, C7, D6, D19, D22, E3. You can pick these with `Test` -> " +"`Choose Image Set`" +msgstr "" +"نشجعك على تجربة الأداء بنفسك على بعض الصور العشوائية (يمكنك القيام بذلك من " +"قائمة \"اختبار\" باستخدام خيار \"مجموعة صور عشوائية\")، ولكن إذا وجدت نفسك " +"تحصل باستمرار على صور متشابهة، يمكنك تجربة فحص الصور من قائمة الآبار " +"التالية: A08، A12، B12، B18، C7، D6، D19، D22، E3. يمكنك اختيار هذه الآبار " +"من خلال \"اختبار\" -> \"اختيار مجموعة صور\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:350 +msgid "Bonus-to-the-Bonus 2 - improve Cellpose segmentation" +msgstr "ميزة إضافية ٢ - تحسين تجزئة وضع الخلية" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:352 +msgid "" +"Based on your evaluations above, can you identify some places where " +"additional training might help fix some issues in the Cellpose model? If you" +" happen to have Cellpose on your computer (or want to try installing it - " +"see Exercise 1 for a link to the official install instructions), open " +"Cellpose with some of the `Ch1` images and see if you can train a model that" +" will perform better." +msgstr "" +"بناءً على تقييماتك أعلاه، هل يمكنك تحديد بعض المواضع التي قد يُسهم فيها " +"التدريب الإضافي في حل بعض المشكلات في نموذج Cellpose؟ إذا كان لديك برنامج " +"Cellpose مثبتًا على جهازك (أو ترغب في تجربة تثبيته - راجع التمرين 1 للحصول " +"على رابط تعليمات التثبيت الرسمية)، فافتح Cellpose باستخدام بعض صور `Ch1` " +"وحاول تدريب نموذج ذي أداء أفضل." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:355 +msgid "Bonus-to-the-Bonus 3 - test your classical segmentation skills" +msgstr "مكافأة إضافية 3 - اختبر مهاراتك في تجزئة الصور الكلاسيكية" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:357 +msgid "" +"The classical segmentation parameters provided here are based on expert " +"tuning from a very experienced CellProfiler user - how close can you get? " +"Add another IdentifyPrimaryObjects module to the pipeline, tune it yourself," +" and then look in the workspace viewer to see how it performs, especially in" +" the more diverse image set from Bonus-to-the-Bonus 1. Compare your " +"parameters to the expert ones - how do they differ? Do you understand why " +"some of these settings may have been chosen?" +msgstr "" +"تعتمد معايير التجزئة الكلاسيكية المذكورة هنا على ضبط دقيق من قِبل مستخدم " +"خبير لبرنامج CellProfiler - ما مدى دقة النتائج التي يمكنك الوصول إليها؟ أضف " +"وحدة IdentifyPrimaryObjects أخرى إلى مسار المعالجة، واضبطها بنفسك، ثم انظر " +"في عارض مساحة العمل لترى أدائها، خاصةً في مجموعة الصور الأكثر تنوعًا من " +"Bonus-to-the-Bonus 1. قارن معاييرك بمعايير الخبير - ما أوجه الاختلاف بينهما؟" +" هل تفهم سبب اختيار بعض هذه الإعدادات؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:362 +msgid "What next? Want to know more about CellProfiler plugins and modules?" +msgstr "ماذا بعد؟ هل ترغب بمعرفة المزيد عن إضافات ووحدات CellProfiler؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:364 +msgid "" +"Read the [CellProfiler-plugins " +"paper](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37690102/)." +msgstr "" +"اقرأ [ورقة CellProfiler-plugins](https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37690102/)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:365 +msgid "" +"Read the [CellProfiler-plugins " +"documentation](https://plugins.cellprofiler.org/)." +msgstr "اقرأ [وثائق CellProfiler-plugins](https://plugins.cellprofiler.org/)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:366 +msgid "" +"Watch this [video](https://www.youtube.com/watch?v=fgF_YueM1b8) to learn how" +" to write a module." +msgstr "" +"شاهد هذا الفيديو (https://www.youtube.com/watch?v=fgF_YueM1b8) لتتعلم كيفية " +"كتابة وحدة برمجية." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/BeginnerSegmentationPlugins.md:367 +msgid "" +"Watch this [Ask Erin Dear Beth video podcast](https://youtu.be/31iK-ETKtFM) " +"to learn more about plugins." +msgstr "" +"شاهد هذا الفيديو [Ask Erin Dear Beth video podcast](https://youtu.be/31iK-" +"ETKtFM) لمعرفة المزيد عن الإضافات." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:2 +msgid "Beginner segmentation and organelle analysis:" +msgstr "تجزئة الخلايا وتحليل العضيات للمبتدئين:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:4 +msgid "A computer exercise using CellProfiler" +msgstr "تمرين حاسوبي باستخدام برنامج CellProfiler" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:7 +msgid "" +"Beth Cimini, Barbara Diaz-Rohrer, Esteban Miglietta, Paula Llanos, Mario " +"Cruz and Rebecca Senft.
Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, " +"MA." +msgstr "" +"بيث شيميني وباربرا دياز روهرير وإستيبان ميجليتا وباولا لانوس وماريو كروز " +"وريبيكا سينفت.
معهد MIT وجامعة هارفارد، كامبريدج، ماساتشوستس." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:11 +msgid "**Background information:**" +msgstr "**معلومات أساسية:**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:13 +msgid "" +"The images in this experiment come from the [Broad Bioimage Benchmark " +"Collection](https://data.broadinstitute.org/bbbc/BBBC022/). They are fields " +"of U2OS cells imaged in five channels (Cell Painting assay; see Gustafsdottir" +" et al., 2013)." +msgstr "" +"الصور المستخدمة في هذه التجربة مأخوذة من [مجموعة برود بيوإيماج " +"بنشمارك](https://data.broadinstitute.org/bbbc/BBBC022/). وهي عبارة عن حقول " +"من خلايا U2OS تم تصويرها في خمس قنوات (اختبار تلوين الخلايا؛ انظر " +"Gustafsdottir et al., 2013)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:18 +msgid "The Cell Painting assay" +msgstr "اختبار الرسم الخلوي" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:20 +msgid "" +"is a high-content, high-throughput imaging technique used to capture a wide " +"array of cellular phenotypes in response to diverse perturbations. Briefly, " +"cells are treated with a variety of drugs, environmental changes or genetic " +"perturbations (using CRISPR, for example) and then fixed and stained with " +"six fluorescent dyes that mark different cellular compartments, including " +"nuclei, cytoplasm, endoplasmic reticulum, Golgi apparatus, mitochondria, and" +" actin." +msgstr "" +"هي تقنية تصوير عالية المحتوى وعالية الإنتاجية تُستخدم لالتقاط مجموعة واسعة " +"من الأنماط الظاهرية الخلوية استجابةً لاضطرابات متنوعة. باختصار، تُعالج " +"الخلايا بمجموعة متنوعة من الأدوية أو التغيرات البيئية أو الاضطرابات الجينية " +"(باستخدام تقنية كريسبر، على سبيل المثال)، ثم تُثبّت وتُصبغ بستة أصباغ فلورية" +" تُحدد مختلف أجزاء الخلية، بما في ذلك النوى والسيتوبلازم والشبكة " +"الإندوبلازمية وجهاز جولجي والميتوكوندريا والأكتين." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:22 +msgid "" +"High-resolution images are then captured using automated fluorescence " +"microscopy, and image analysis algorithms (like the one we will use in this " +"tutorial) are applied to extract thousands of morphological features. These " +"features are used to create a high dimensional **\"morphological profile\"**" +" (consisting of up to several thousand features) for each perturbation." +msgstr "" +"ثم تُلتقط صور عالية الدقة باستخدام مجهر التألق الآلي، وتُطبَّق خوارزميات " +"تحليل الصور (مثل تلك التي سنستخدمها في هذا الدرس) لاستخراج آلاف السمات " +"المورفولوجية. تُستخدم هذه السمات لإنشاء \"ملف تعريف مورفولوجي\" عالي الأبعاد" +" (يتكون من آلاف السمات) لكل تغيير." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:24 +msgid "" +"Finally, by comparing and clustering the morphological profiles of cells " +"treated with different compounds, researchers can identify potential new " +"drug candidates, assess their toxicity or understand the mechanism of action" +" of existing drugs; or, in combination with genetic perturbations, these " +"profiles assays can be used to determine the function of genes or to " +"understand the underlying mechanisms of genetic diseases and potential " +"therapeutic interventions." +msgstr "" +"وأخيرًا، من خلال مقارنة وتجميع السمات المورفولوجية للخلايا المعالجة بمركبات " +"مختلفة، يمكن للباحثين تحديد المرشحين المحتملين للأدوية الجديدة، وتقييم " +"سميتها أو فهم آلية عمل الأدوية الموجودة؛ أو، بالاشتراك مع الاضطرابات " +"الجينية، يمكن استخدام هذه التحليلات لتحديد وظيفة الجينات أو لفهم الآليات " +"الكامنة وراء الأمراض الوراثية والتدخلات العلاجية المحتملة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:30 +msgid "" +"Figure 1: Cell Painting assays are commonly run on multiwell plates and " +"several Images ('Sites') are taken from each well. Each image contains " +"information of 6 different cellular dyes, imaged in 5 channels." +msgstr "" +"الشكل 1: تُجرى اختبارات تلوين الخلايا عادةً على صفائح متعددة الآبار، ويتم " +"التقاط عدة صور (\"مواقع\") من كل بئر. تحتوي كل صورة على معلومات عن 6 أصباغ " +"خلوية مختلفة، مصورة في 5 قنوات." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:33 +msgid "**Goals of this exercise:**" +msgstr "**أهداف هذا التمرين:**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:35 +msgid "" +"This exercise will give you the chance to practice finding segmentation " +"parameters for larger “parent” objects (nucleus, cell, and cytoplasm) and " +"show you ways to pull out smaller features in your image by segmenting " +"organelles within the cells and nuclei (like nucleoli or mitochondria). You " +"will also be shown how to use RelateObjects so that you can relate the " +"average counts, distances, and measurements of the smaller “child” " +"organelles to their larger “parent” objects (i.e., cell and nucleus)." +msgstr "" +"سيتيح لك هذا التمرين فرصة التدرب على إيجاد معايير التجزئة للأجسام " +"\"الأصلية\" الأكبر (النواة، والخلية، والسيتوبلازم)، وسيوضح لك طرقًا لاستخراج" +" التفاصيل الأصغر في صورتك عن طريق تجزئة العضيات داخل الخلايا والنوى (مثل " +"النويات أو الميتوكوندريا). كما ستتعلم كيفية استخدام أداة RelateObjects لربط " +"متوسط عدد العضيات \"التابعة\" الأصغر، والمسافات بينها، وقياساتها بالأجسام " +"\"الأصلية\" الأكبر (أي الخلية والنواة)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:43 +msgid "**Materials necessary for this exercise:**" +msgstr "**المواد اللازمة لهذا التمرين:**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:45 +msgid "" +"The images are contained in the **images** folder; these 50 images (10 sites" +" imaged in 5 channels) represent 5 mock treated wells from a single 384 well" +" plate experiment." +msgstr "" +"توجد الصور في مجلد **images**؛ تمثل هذه الصور الخمسون (10 مواقع تم تصويرها " +"في 5 قنوات) 5 آبار معالجة وهمية من تجربة واحدة على لوحة 384 بئراً." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:49 +msgid "**Exercise instructions:**" +msgstr "**تعليمات التمرين:**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:51 +msgid "" +"Read through the steps below and follow instructions where stated. Steps " +"where you must figure out a solution are marked with 🔴 **TO DO.**" +msgstr "" +"اقرأ الخطوات أدناه واتبع التعليمات المذكورة. الخطوات التي تتطلب منك إيجاد حل" +" مُشار إليها بعلامة 🔴 **مطلوب تنفيذه.**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:53 +msgid "**1. Load starting pipeline (2 min)**" +msgstr "**1. بدء تحميل خط الأنابيب (دقيقتان)**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:55 +msgid "" +"Start CellProfiler by double-clicking the desktop icon: " +msgstr "" +"ابدأ تشغيل CellProfiler بالنقر المزدوج على أيقونة سطح المكتب: " + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:61 +msgid "" +"Figure 2: **Main CellProfiler window**. To load images, drag and drop images" +" into the right area. To load a pipeline (.ccpipe or .ccproj files), drag " +"and drop the pipeline file into the left area." +msgstr "" +"الشكل 2: **نافذة CellProfiler الرئيسية**. لتحميل الصور، اسحبها وأفلتها في " +"المنطقة اليمنى. لتحميل مسار معالجة (ملفات .ccpipe أو .ccproj)، اسحب ملف مسار" +" المعالجة وأفلته في المنطقة اليسرى." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:64 +msgid "" +"Drag and drop the `‘segmentation_start.cppipe’` file into the `‘Analysis " +"modules’` pane on the left." +msgstr "" +"اسحب وأفلت ملف \"segmentation_start.cppipe\" في جزء \"وحدات التحليل\" على " +"اليسار." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:66 +msgid "" +"Alternatively, you can also import a pipeline by going to `File` in the main" +" menu (top), then `Import > Pipeline from file`" +msgstr "" +"بدلاً من ذلك، يمكنك أيضاً استيراد مسار بيانات بالانتقال إلى \"ملف\" في " +"القائمة الرئيسية (أعلى الصفحة)، ثم \"استيراد > مسار بيانات من ملف\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:72 +msgid "" +"Figure 2b: **Loading the starting pipeline**. When you succesfully load the " +"`‘segmentation_start.cppipe’` file into CellProfiler, you will notice a " +"welcome message in the Notes panel. This initial pipeline has no analysis " +"modules (you will fix that soon!) but has all the Loading modules already " +"configured for you (see **Step 3** for more details)" +msgstr "" +"الشكل 2ب: **تحميل مسار المعالجة الأولي**. عند تحميل ملف " +"\"segmentation_start.cppipe\" بنجاح في CellProfiler، ستلاحظ رسالة ترحيب في " +"لوحة الملاحظات. لا يحتوي مسار المعالجة الأولي هذا على وحدات تحليل (ستقوم " +"بتعديل ذلك لاحقًا!)، ولكنه يحتوي على جميع وحدات التحميل مُهيأة مسبقًا (راجع " +"**الخطوة 3** لمزيد من التفاصيل)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:75 +msgid "**2. Load images**" +msgstr "**2. تحميل الصور**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:78 +msgid "" +"Click on the **Images** module in the top left corner of the **Input** pane " +"on CellProfiler window." +msgstr "" +"انقر على وحدة **الصور** في الزاوية العلوية اليسرى من جزء **الإدخال** في " +"نافذة CellProfiler." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:79 +msgid "" +"Drag and drop the folder named `'images_Illum-corrected'` into the `Drop " +"files and folders here` pane. It should automatically populate." +msgstr "" +"اسحب المجلد المسمى \"images_Illum-corrected\" وأفلته في لوحة \"إسقاط الملفات" +" والمجلدات هنا\". سيتم ملؤها تلقائيًا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:81 +msgid "" +"Alternatively, you can also load the images by double clicking in the `Drop " +"files and folders here` pane and using the pop-up window to select them." +msgstr "" +"بدلاً من ذلك، يمكنك أيضًا تحميل الصور عن طريق النقر المزدوج في جزء \"إسقاط " +"الملفات والمجلدات هنا\" واستخدام النافذة المنبثقة لتحديدها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:87 +msgid "" +"*Figure 3: The **Images** module, grey out files will **not** be available " +"for downstream modules*" +msgstr "" +"*الشكل 3: وحدة **الصور**، لن تكون الملفات المظللة باللون الرمادي متاحة " +"للوحدات اللاحقة*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:89 +msgid "" +"**TIP**: You can use the `‘Filter images?’` options to filter out any file " +"that you don't want CellProfiler to process. For example, if `‘Images only’`" +" is selected, all files that are not images will be filtered out (they " +"appear greyed out)." +msgstr "" +"**نصيحة**: يمكنك استخدام خيار \"تصفية الصور؟\" لاستبعاد أي ملف لا ترغب في " +"معالجته بواسطة CellProfiler. على سبيل المثال، إذا تم تحديد \"الصور فقط\"، " +"فسيتم استبعاد جميع الملفات التي ليست صورًا (ستظهر باللون الرمادي)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:91 +msgid "You can open and examine any image by double clicking on them" +msgstr "يمكنك فتح أي صورة وفحصها بالنقر المزدوج عليها" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:92 +msgid "" +"🔴 **TO DO.** Open an image and familiarize yourself with the tools in the " +"image toolbar: " +msgstr "" +"🔴 **مطلوب القيام به.** افتح صورة وتعرف على الأدوات الموجودة في شريط أدوات " +"الصورة: " + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:94 +msgid "" +"**TIP** you can manually adjust brightness and contrast in the image display" +" by right-clicking on it and going to `'Adjust Contrast'`" +msgstr "" +"**نصيحة** يمكنك ضبط السطوع والتباين يدويًا في عرض الصورة بالنقر بزر الماوس " +"الأيمن عليها والذهاب إلى \"ضبط التباين\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:97 +msgid "3. [OPTIONAL STEP] Set up the input modules" +msgstr "3. [خطوة اختيارية] إعداد وحدات الإدخال" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:99 +msgid "" +"*We suggest you skip this step for now, it will not affect the rest of the " +"pipeline, as these modules have been properly set up in the starting " +"pipeline (`segmentation_start.cpipe`).*" +msgstr "" +"*نقترح عليك تخطي هذه الخطوة في الوقت الحالي، فلن تؤثر على بقية مسار العمل، " +"حيث تم إعداد هذه الوحدات بشكل صحيح في مسار العمل الأولي " +"(`segmentation_start.cpipe`).*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:101 +msgid "" +"*At the end of this tutorial you will find instructions on how to set up the" +" input modules*" +msgstr "*في نهاية هذا الدرس ستجد تعليمات حول كيفية إعداد وحدات الإدخال*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:106 +msgid "Build the analysis pipeline" +msgstr "قم ببناء مسار التحليل" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:108 +msgid "" +"Now, you are ready to start building your image analysis pipeline. But, " +"**what IS an analysis pipeline?**" +msgstr "" +"أنت الآن جاهز لبدء بناء مسار تحليل الصور الخاص بك. ولكن، **ما هو مسار " +"التحليل؟**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:110 +msgid "" +"Basically, it is a series of sequential processes, in which the output of " +"one process serves as the input of one of the following ones." +msgstr "" +"بشكل أساسي، هي سلسلة من العمليات المتسلسلة، حيث يكون ناتج إحدى العمليات " +"بمثابة مدخلات لإحدى العمليات التالية." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:112 +msgid "" +"Thus, the order in which this processes are executed is **very** important, " +"as is the proper naming of the inputs and the outputs (as you will see in " +"this tutorial)" +msgstr "" +"وبالتالي، فإن ترتيب تنفيذ هذه العمليات مهم للغاية، وكذلك التسمية الصحيحة " +"للمدخلات والمخرجات (كما سترى في هذا البرنامج التعليمي)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:114 +msgid "" +"During the construction of the pipeline, you will see two symbols appearing " +"next to the modules:" +msgstr "أثناء بناء خط الأنابيب، سترى رمزين يظهران بجوار الوحدات:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:116 +msgid "" +" Checked box means " +"that the module is activated and well configured" +msgstr "" +" يشير المربع المحدد " +"إلى أن الوحدة مفعلة ومُهيأة بشكل صحيح." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:117 +msgid "" +" This means that there" +" is an error in the configuration of the module. You can hover with your " +"mouse on it to get information on the problem." +msgstr "" +" هذا يعني وجود خطأ في " +"إعدادات الوحدة. يمكنك تمرير مؤشر الماوس فوقها للحصول على معلومات حول " +"المشكلة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:118 +msgid "" +"Because the pipeline is sequential, it is possible that changing an upstream" +" module will generate errors on a downstream module." +msgstr "" +"نظراً لأن خط الأنابيب متسلسل، فمن المحتمل أن يؤدي تغيير وحدة نمطية في المنبع" +" إلى حدوث أخطاء في وحدة نمطية في المصب." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:119 +msgid "" +"You can click on any of the two symbols above to inactivate the module, " +"which is signaled as . This means that the module (and any output it produces) is " +"no longer a part of the pipeline and will be skipped." +msgstr "" +"يمكنك النقر على أي من الرمزين أعلاه لتعطيل الوحدة، وهو ما يُشار إليه بالرمز " +". هذا يعني" +" أن الوحدة (وأي مخرجات تُنتجها) لم تعد جزءًا من مسار المعالجة وسيتم تخطيها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:121 +msgid "" +"The icon means " +"that the module output will be visible (it will pop-up in a new window or " +"tab) when you run the pipeline." +msgstr "" +"يشير الرمز إلى أن" +" مخرجات الوحدة ستكون مرئية (ستظهر في نافذة أو علامة تبويب جديدة) عند تشغيل " +"خط الأنابيب." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:123 +msgid "" +"The icon means " +"that the module output will not be visible when you run the pipeline." +msgstr "" +"يشير الرمز إلى " +"أن مخرجات الوحدة لن تكون مرئية عند تشغيل خط الأنابيب." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:125 +msgid "" +"The usefulness of building a pipeline is that you can apply the same series " +"of processing/analysis steps to all the image dataset, which makes the " +"analysis both fast and reproducible. However, while constructing the " +"pipeline, we don't want to run our unfinished pipeline on ALL the images " +"every time we try something new. That's why CellProfiler has a `'Test " +"Mode'`, which allows you to run every step individually and separately one a" +" SINGLE IMAGE at a time. Once your pipeline has at least one non-input " +"module in it, you can activate this mode by clicking on in the lower-left" +" of the window. When you are done developing your pipeline, you can exit " +"the `'Test Mode'` by clicking on and then finally " +"run the entire pipeline on your complete image dataset using the button." +msgstr "" +"تكمن فائدة إنشاء مسار معالجة في إمكانية تطبيق نفس سلسلة خطوات " +"المعالجة/التحليل على جميع بيانات الصور، مما يجعل التحليل سريعًا وقابلًا " +"للتكرار. مع ذلك، أثناء إنشاء المسار، لا نرغب بتشغيله على جميع الصور في كل " +"مرة نجرب فيها شيئًا جديدًا. لهذا السبب، يحتوي CellProfiler على \"وضع " +"الاختبار\"، الذي يسمح بتشغيل كل خطوة على حدة، صورة واحدة في كل مرة. بمجرد " +"احتواء مسارك على وحدة واحدة على الأقل غير وحدة الإدخال، يمكنك تفعيل هذا " +"الوضع بالنقر على في أسفل يسار النافذة. عند الانتهاء من تطوير خط الأنابيب " +"الخاص بك، يمكنك الخروج من \"وضع الاختبار\" بالنقر على ثم تشغيل خط " +"الأنابيب بالكامل على مجموعة بيانات الصور الكاملة باستخدام زر ." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:132 +msgid "" +"*Overview of the final **pipeline** that you will be building with the " +"general aim of each section*" +msgstr "" +"*نظرة عامة على **خط الأنابيب** النهائي الذي ستقوم بإنشائه مع الهدف العام لكل" +" قسم*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:135 +msgid "**4. IdentifyPrimaryObjects – Nuclei (10min)**" +msgstr "**4. تحديد الأجسام الأولية – النوى (10 دقائق)**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:137 +msgid "" +"**AIM: use the nuclear channel to segment (isolate and identify all the " +"pixels belonging to) each nuclei.**" +msgstr "" +"**الهدف: استخدام القناة النووية لتقسيم (عزل وتحديد جميع البكسلات التي تنتمي " +"إلى) كل نواة.**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:139 +msgid "" +"Add an **IdentifyPrimaryObjects** module to the pipeline. Do this by " +"clicking on the " +"button in the bottom left corner of the CellProfiler window, which will pop " +"up a small window called `‘Add modules’`. Navigate to the `Object " +"Processing` category and select **IdentifyPrimaryObjects**. Double click on " +"the module or click on ." +msgstr "" +"أضف وحدة **IdentifyPrimaryObjects** إلى مسار المعالجة. يمكنك فعل ذلك بالنقر " +"على زر في الزاوية" +" السفلية اليسرى من نافذة CellProfiler، حيث ستظهر نافذة صغيرة بعنوان \"إضافة " +"وحدات\". انتقل إلى فئة \"معالجة الكائنات\" وحدد **IdentifyPrimaryObjects**. " +"انقر نقرًا مزدوجًا على الوحدة أو انقر على ." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:141 +msgid "" +"**Tip**: You can also use the `'Find Modules'` search bar at the top of the " +"‘Add modules’ window to search all modules by name." +msgstr "" +"**نصيحة**: يمكنك أيضًا استخدام شريط البحث \"البحث عن الوحدات\" الموجود أعلى " +"نافذة \"إضافة الوحدات\" للبحث عن جميع الوحدات بالاسم." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:147 +msgid "" +"*Figure 8: The 'Add Modules' window, modules are divided in categories based" +" on their function*" +msgstr "" +"*الشكل 8: نافذة \"إضافة وحدات\"، حيث تُقسّم الوحدات إلى فئات بناءً على " +"وظائفها*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:151 +msgid "" +"Select `'OrigDNA'` image as your input image from the drop-down menu. " +"`'OrigDNA'` is the name assigned to the nuclei channel in **NamesAndTypes** " +"module. You can check it in the setting of Input Modules described before." +msgstr "" +"اختر صورة \"OrigDNA\" كصورة إدخال من القائمة المنسدلة. \"OrigDNA\" هو الاسم " +"المُخصص لقناة النوى في وحدة \"الأسماء والأنواع\". يمكنك التحقق منه في " +"إعدادات وحدات الإدخال الموضحة سابقًا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:152 +msgid "Change the name of the output objects to ‘Nuclei’." +msgstr "قم بتغيير اسم كائنات الإخراج إلى \"النوى\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:154 +msgid "" +"Enter '`Test Mode'` by clicking on .\\" +msgstr "" +"ادخل إلى \"وضع الاختبار\" بالنقر على .\\" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:156 +msgid "" +"Hit to run the " +"module. A new window will pop up showing you the original input image (top " +"left) and the results of running the module." +msgstr "" +"اضغط على لتشغيل " +"الوحدة. ستظهر نافذة جديدة تعرض لك صورة الإدخال الأصلية (أعلى اليسار) ونتائج " +"تشغيل الوحدة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:157 +msgid "" +"In this case, you can see the segmented nuclei both as outlines on top of " +"the original image (bottom left) and as labeled objects (top right)." +msgstr "" +"في هذه الحالة، يمكنك رؤية النوى المجزأة على شكل خطوط عريضة فوق الصورة " +"الأصلية (أسفل اليسار) وككائنات مصنفة (أعلى اليمين)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:159 +msgid "" +"Notice that the colors in the labeled objects are assigned at random and " +"might change ecery time you run the module." +msgstr "" +"لاحظ أن الألوان في الكائنات المصنفة يتم تعيينها بشكل عشوائي وقد تتغير في كل " +"مرة تقوم فيها بتشغيل الوحدة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:161 +msgid "" +"On the outlines display pane (bottom left) you can see three different " +"colors; green is for accepted objects, orange for objects touching the " +"border, and pink for objects outside the diameter range." +msgstr "" +"في لوحة عرض الخطوط الخارجية (أسفل اليسار) يمكنك رؤية ثلاثة ألوان مختلفة؛ " +"الأخضر للأشياء المقبولة، والبرتقالي للأشياء التي تلامس الحدود، والوردي " +"للأشياء التي تقع خارج نطاق القطر." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:162 +msgid "" +"On the table pane (bottom right) there is useful information that you can " +"use to adjust your segmentation settings, like the median diameter, and the " +"threshold." +msgstr "" +"في جزء الجدول (أسفل اليمين) توجد معلومات مفيدة يمكنك استخدامها لضبط إعدادات " +"التجزئة الخاصة بك، مثل القطر المتوسط والعتبة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:163 +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:207 +msgid "**How does your segmentation look?**" +msgstr "**كيف يبدو تقسيمك للشرائح؟**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:169 +msgid "" +"*Figure 9: The **IdentifyPrimaryObjects** module output, you can use the " +"information in this window to modify your segmentation parameters*" +msgstr "" +"*الشكل 9: مخرجات وحدة **IdentifyPrimaryObjects**، يمكنك استخدام المعلومات " +"الموجودة في هذه النافذة لتعديل معلمات التجزئة الخاصة بك*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:172 +msgid "" +"Use the at the top of " +"the window to activate the Zoom tool. Click and drag the mouse on the image " +"to zoom in on an area that was segmented poorly." +msgstr "" +"استخدم الموجود أعلى " +"النافذة لتفعيل أداة التكبير/التصغير. انقر واسحب مؤشر الماوس على الصورة " +"لتكبير منطقة تم تقسيمها بشكل غير واضح." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:175 +msgid "**🔴 TO DO**: Improve your segmentation of nuclei:" +msgstr "**🔴 المطلوب القيام به**: تحسين تجزئة النوى:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:177 +msgid "" +"Select `‘Yes’` for the `‘Use advanced settings?’` option, then change some " +"of the parameters:" +msgstr "حدد \"نعم\" لخيار \"استخدام الإعدادات المتقدمة؟\"، ثم قم بتغيير بعض المعلمات:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:179 +msgid "Adjust the threshold method, may lead to better (or worse!) results." +msgstr "قد يؤدي تعديل طريقة العتبة إلى نتائج أفضل (أو أسوأ!)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:180 +msgid "Adjust the declumping settings." +msgstr "اضبط إعدادات إزالة التكتلات." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:182 +msgid "" +"Hit after each change" +" to rerun the module and see how the new parameters affect the segmentation." +msgstr "" +"اضغط على بعد كل تغيير" +" لإعادة تشغيل الوحدة النمطية ومعرفة كيف تؤثر المعلمات الجديدة على التجزئة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:184 +msgid "" +"Adjust the segmentation parameters until you feel you’re ready to move on to" +" identifying the cells around the nuclei." +msgstr "" +"اضبط معلمات التجزئة حتى تشعر بأنك مستعد للانتقال إلى تحديد الخلايا المحيطة " +"بالنوى." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:186 +msgid "" +"The segmentation should be good but **doesn’t need to be perfect** before " +"you move on." +msgstr "" +"يجب أن يكون التقسيم جيدًا ولكن **لا يشترط أن يكون مثاليًا** قبل الانتقال إلى" +" الخطوة التالية." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:188 +msgid "" +"On that topic, we recommend checking this blog post on [When To Say ‘Good " +"Enough’](https://carpenter-singh-lab.broadinstitute.org/blog/when-to-say-" +"good-enough)." +msgstr "" +"في هذا الموضوع، نوصي بالاطلاع على منشور المدونة هذا حول [متى نقول \"جيد بما " +"فيه الكفاية\"](https://carpenter-singh-lab.broadinstitute.org/blog/when-to-" +"say-good-enough)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:192 +msgid "**5. IdentifySecondaryObjects – Cells (5min)**" +msgstr "**5. تحديد الكائنات الثانوية - الخلايا (5 دقائق)**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:194 +msgid "" +"**AIM: segment each cell individually using the previously segmented nuclei " +"as a guide**" +msgstr "" +"**الهدف: تقسيم كل خلية على حدة باستخدام النوى التي تم تقسيمها مسبقًا كدليل**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:196 +msgid "" +"Since we don't have a cellular marker that labels homogenously the whole " +"cell, we will use the `'OrigActin_Golgi_Membrane'` channel, which is the " +"closest we have." +msgstr "" +"بما أنه ليس لدينا علامة خلوية تقوم بتصنيف الخلية بأكملها بشكل متجانس، فسوف " +"نستخدم قناة \"OrigActin_Golgi_Membrane\"، وهي الأقرب لدينا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:198 +msgid "" +"After the **IdentifyPrimaryObjects**, add a **IdentifySecondaryObjects** " +"module." +msgstr "" +"بعد **IdentifyPrimaryObjects**، أضف وحدة **IdentifySecondaryObjects**." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:199 +msgid "" +"Select the `'OrigActin_Golgi_Membrane'` image as your input image, select " +"the `'Nuclei'` objects (created by the previous module) as input objects and" +" change the name to `'Cells'`." +msgstr "" +"حدد صورة \"OrigActin_Golgi_Membrane\" كصورة إدخال، وحدد كائنات \"Nuclei\" " +"(التي تم إنشاؤها بواسطة الوحدة النمطية السابقة) ككائنات إدخال وقم بتغيير " +"الاسم إلى \"Cells\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:201 +msgid "" +"The **IdentifySecondaryObject** module uses a \"primary\" object (in this " +"case, the `'Nuclei'`) as a reference to find a \"secondary\" object, which " +"contains the \"primary\". The \"primary\" is used as seed from which the " +"\"secondary\" expands out." +msgstr "" +"تستخدم وحدة **IdentifySecondaryObject** كائنًا \"أساسيًا\" (في هذه الحالة، " +"\"النوى\") كمرجع للعثور على كائن \"ثانوي\" يحتوي على الكائن \"الأساسي\". " +"يُستخدم الكائن \"الأساسي\" كبذرة يتوسع منها الكائن \"الثانوي\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:203 +msgid "Hit to run the module." +msgstr "" +"اضغط على لتشغيل " +"الوحدة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:205 +msgid "" +"In this module output, the outline colors correspond to the seed object " +"(green-Nuclei) and the segmented objects (magenta-Cell)" +msgstr "" +"في مخرجات هذه الوحدة، تتوافق ألوان الخطوط الخارجية مع الكائن الأساسي (أخضر -" +" النوى) والكائنات المجزأة (أرجواني - الخلية)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:213 +msgid "*Figure 10: The **IdentifySecondaryObjects** module output*" +msgstr "*الشكل 10: مخرجات وحدة **IdentifySecondaryObjects***" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:217 +msgid "**🔴 TO DO**: Improve cell segmentation" +msgstr "**🔴 المهام**: تحسين تجزئة الخلايا" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:219 +msgid "Adjust the thresholding method." +msgstr "اضبط طريقة تحديد العتبة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:220 +msgid "" +"Test the effects of using the various methods for identifying secondary " +"objects (Propagation, Watershed-Image Distance-N, etc) and, if using " +"Propagation, the regularization factor." +msgstr "" +"اختبر تأثيرات استخدام الطرق المختلفة لتحديد الكائنات الثانوية (الانتشار، " +"مسافة الصورة-N، إلخ) وإذا تم استخدام الانتشار، فحدد عامل التنظيم." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:221 +msgid "" +"Examine the segmentation and adjust the module parameters until you feel " +"you’re ready to test them on another image" +msgstr "" +"افحص عملية التجزئة واضبط معلمات الوحدة حتى تشعر بأنك جاهز لاختبارها على صورة" +" أخرى" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:223 +msgid "Remember, **they don’t need to be perfect!**" +msgstr "تذكر، **ليس من الضروري أن تكون مثالية!**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:225 +msgid "" +"**6. Test the robustness of your segmentation parameters across images " +"(5min)**" +msgstr "**6. اختبر مدى متانة معايير التجزئة الخاصة بك عبر الصور (5 دقائق)**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:227 +msgid "" +"It’s (relatively!) easy to come up with a good set of segmentation " +"parameters for a single image however we aim to create a set of parameters " +"that can segment cells on all the images on an experiment." +msgstr "" +"من السهل (نسبياً!) التوصل إلى مجموعة جيدة من معلمات التجزئة لصورة واحدة، ومع" +" ذلك فإننا نهدف إلى إنشاء مجموعة من المعلمات التي يمكنها تجزئة الخلايا في " +"جميع الصور في التجربة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:229 +msgid "" +"To test the parameters, there are two options to change the image you are " +"working on in Test Mode:" +msgstr "" +"لاختبار المعلمات، هناك خياران لتغيير الصورة التي تعمل عليها في وضع الاختبار:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:231 +msgid "" +"Click on the " +"at the bottom left corner," +msgstr "" +"انقر على في " +"الزاوية السفلية اليسرى،" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:233 +msgid "or" +msgstr "أو" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:235 +msgid "" +"Go to `‘Test’` on the top menu bar → `Choose Image Set` to bring up a list " +"of the images in your experiment, select the image you want to test, and " +"press the `‘OK’` button." +msgstr "" +"انتقل إلى \"اختبار\" في شريط القوائم العلوي → \"اختيار مجموعة الصور\" لعرض " +"قائمة بالصور في تجربتك، وحدد الصورة التي تريد اختبارها، واضغط على زر " +"\"موافق\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:237 +msgid "You can also use the `'Test'` menu to choose a random image set" +msgstr "يمكنك أيضًا استخدام قائمة \"الاختبار\" لاختيار مجموعة صور عشوائية" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:243 +msgid "*Figure 11: A section of the `‘Choose Image Set’` menu.*" +msgstr "*الشكل 11: جزء من قائمة \"اختيار مجموعة الصور\".*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:246 +msgid "" +"Run tthe new image set you selected in test mode for your first 2 modules " +"(through your **IdentifySecondaryObjects** step)." +msgstr "" +"قم بتشغيل مجموعة الصور الجديدة التي حددتها في وضع الاختبار لأول وحدتين (من " +"خلال خطوة **IdentifySecondaryObjects**)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:248 +msgid "" +"You can do it by clicking the button, or" +msgstr "" +"يمكنك القيام بذلك بالنقر على زر ، أو" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:249 +msgid "" +"You can activate the pause button () on the module after **IdentifySecondaryObjects** and hit " +", this will run all " +"modules before the pause." +msgstr "" +"يمكنك تفعيل زر الإيقاف المؤقت () في الوحدة بعد **IdentifySecondaryObjects** والضغط على ، سيؤدي هذا إلى تشغيل جميع " +"الوحدات قبل الإيقاف المؤقت." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:256 +msgid "*Figure 12: A section of the ‘Analysis modules’ pane.*" +msgstr "*الشكل 12: جزء من لوحة \"وحدات التحليل\".*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:259 +msgid "" +"Examine the output – did your nuclear and cellular segmentation hold up " +"compared to the first images you looked at?" +msgstr "" +"افحص الناتج – هل حافظت عملية تقسيم النواة والخلايا على دقتها مقارنةً بالصور " +"الأولى التي نظرت إليها؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:260 +msgid "" +"**🔴 TO DO**: Adjust the parameters to get comparable results to the first " +"image. Once your segmentation is good, try it on another image." +msgstr "" +"**🔴 المطلوب فعله**: اضبط المعايير للحصول على نتائج مماثلة للصورة الأولى. " +"بمجرد أن يصبح تقسيم الصورة جيدًا، جرّبه على صورة أخرى." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:262 +msgid "**7. IdentifyTertiaryObjects- Cytoplasm (2min)**" +msgstr "7. تحديد الأجسام الثالثية - السيتوبلازم (دقيقتان)" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:264 +msgid "**AIM: Identify the Cytoplasm of the cell**" +msgstr "**الهدف: تحديد سيتوبلازم الخلية**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:266 +msgid "" +"The `'Cells'` objects that we just identified contain both the cytoplasm of " +"the cells and the nucleus. However the nucleus and the cytoplasm are two " +"very distinct cellular compartments and, thus, we want to be able to make " +"measurements in each of them separately." +msgstr "" +"تحتوي الأجسام التي حددناها للتو، والتي تُسمى \"الخلايا\"، على كلٍ من " +"سيتوبلازم الخلايا ونواتها. ومع ذلك، فإن النواة والسيتوبلازم هما حجرتان " +"خلويتان متميزتان للغاية، ولذلك، نرغب في إجراء القياسات في كلٍ منهما على حدة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:268 +msgid "" +"Fortunately, to identify the cytoplasm, all we have to do is to subtract the" +" `'Nuclei'` object, from the `'Cells'`object. We can do this using the " +"**IdentifyTertiaryObjects** module" +msgstr "" +"لحسن الحظ، لتحديد السيتوبلازم، كل ما علينا فعله هو طرح كائن \"النوى\" من " +"كائن \"الخلايا\". يمكننا القيام بذلك باستخدام وحدة " +"**IdentifyTertiaryObjects**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:270 +msgid "" +"After the **IdentifySecondaryObjects** module, add an " +"**IdentifyTertiaryObjects** module." +msgstr "" +"بعد وحدة **IdentifySecondaryObjects**، أضف وحدة **IdentifyTertiaryObjects**." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:272 +msgid "" +"Create an object called `'Cytoplasm'` using the `'Cells'` and `'Nuclei'` " +"objects you’ve created." +msgstr "" +"قم بإنشاء كائن يسمى \"السيتوبلازم\" باستخدام كائنات \"الخلايا\" و \"النوى\" " +"التي قمت بإنشائها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:274 +msgid "" +"Select the larger and smaller identified objects from the drop-down menu." +msgstr "حدد العناصر الأكبر والأصغر المحددة من القائمة المنسدلة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:275 +msgid "Change the name of the objects to be identified." +msgstr "قم بتغيير اسم الكائنات المراد تحديدها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:276 +msgid "‘Shrink smaller object prior to subtraction?’ should both set to ‘No’." +msgstr "يجب ضبط خيار \"تصغير الكائن الأصغر قبل الطرح؟\" على \"لا\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:278 +msgid "**8. Segment the nucleoli (15min)**" +msgstr "**8. تقسيم النويات (15 دقيقة)**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:280 +msgid "**AIM: Segment a more challenging cellular compartment: the nucleoli**" +msgstr "**الهدف: تقسيم جزء خلوي أكثر تعقيدًا: النويات**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:282 +msgid "" +"So far, we have used untransformed images for object detection, but not all " +"objects can be segmented from raw images. CellProfiler contains a variety of" +" image processing modules that can aid segmentation. For this exercise, we " +"will use two such modules, but there are other ones you can explore." +msgstr "" +"حتى الآن، استخدمنا صورًا غير مُعدّلة للكشف عن الأجسام، ولكن لا يمكن فصل جميع" +" الأجسام من الصور الخام. يحتوي برنامج CellProfiler على مجموعة متنوعة من " +"وحدات معالجة الصور التي تُساعد في عملية الفصل. سنستخدم في هذا التمرين وحدتين" +" منها، ولكن هناك وحدات أخرى يُمكنك استكشافها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:288 +msgid "" +"We will segment the nucleoli using the `'OrigRNA'` channel, in which all " +"nucleic acids (DNA and RNA) are labeled, both inside and outside the nucleus" +" (using Syto, a commercial dye). This means some trouble, because:" +msgstr "" +"سنقوم بتقسيم النويات باستخدام قناة \"OrigRNA\"، حيث يتم وسم جميع الأحماض " +"النووية (DNA وRNA) داخل النواة وخارجها (باستخدام صبغة Syto التجارية). وهذا " +"يعني بعض الصعوبة، للأسباب التالية:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:289 +msgid "" +"Not only the nucleoli but also the nuclei are labeled, which means that the " +"nucleoli will not contrast so well with their background (the nucleus)" +msgstr "" +"لا يتم وضع علامات على النويات فحسب، بل على النوى أيضًا، مما يعني أن النويات " +"لن تتباين بشكل جيد مع خلفيتها (النواة)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:290 +msgid "" +"There are RNA spots in the cytoplasm which are NOT nucleoli, and we don't " +"want to identify those." +msgstr "" +"توجد بقع من الحمض النووي الريبي في السيتوبلازم ليست نويات، ولا نريد تحديدها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:292 +msgid "" +"The next 3 modules will help address these issues to create the `'Nucleoli'`" +" object. Look at the output from each to see how the image is transformed to" +" aid in segmentation." +msgstr "" +"ستساعد الوحدات الثلاث التالية في معالجة هذه المشكلات لإنشاء كائن \"النوى\". " +"انظر إلى مخرجات كل وحدة لمعرفة كيفية تحويل الصورة للمساعدة في عملية التجزئة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:294 +msgid "" +"After the **IdentifyTertiaryObjects** module, add an " +"**EnhanceOrSuppressFeatures** module." +msgstr "" +"بعد وحدة **IdentifyTertiaryObjects**، أضف وحدة " +"**EnhanceOrSuppressFeatures**." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:296 +msgid "" +"**EnhanceOrSuppressFeatures** is a module that helps enhance parts of an " +"image, in this case, punctate objects or `‘Speckles’`. As we are looking for" +" nucleoli, we apply this to the RNA channel (`'OrigRNA'`) image and call the" +" output `‘FilteredRNA’`." +msgstr "" +"**EnhanceOrSuppressFeatures** هي وحدة تساعد على تحسين أجزاء من الصورة، وفي " +"هذه الحالة، الأجسام النقطية أو \"البقع\". ولأننا نبحث عن النويات، فإننا نطبق" +" هذه الوحدة على صورة قناة الحمض النووي الريبوزي (RNA) الأصلية (OrigRNA) " +"ونسمي الناتج \"FilteredRNA\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:298 +msgid "**🔴 TO DO: Enhance nucleoli spots**" +msgstr "**🔴 المطلوب: تحسين بقع النويات**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:300 +msgid "Change the input image from the drop-down menu to `‘OrigRNA’`" +msgstr "غيّر صورة الإدخال من القائمة المنسدلة إلى \"OrigRNA\"" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:301 +msgid "Change the name of the output image to `‘FilteredRNA’`" +msgstr "غيّر اسم الصورة الناتجة إلى \"FilteredRNA\"" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:302 +msgid "" +"Change the feature size to see how this affects the output and find a value " +"that works well." +msgstr "" +"قم بتغيير حجم الميزة لمعرفة كيف يؤثر ذلك على المخرجات وابحث عن قيمة تعمل " +"بشكل جيد." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:303 +msgid "" +"**NOTE**: be careful when using large numbers as the module might take a " +"long time to run" +msgstr "" +"**ملاحظة**: توخَّ الحذر عند استخدام أعداد كبيرة، فقد يستغرق تشغيل الوحدة " +"وقتًا طويلاً." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:304 +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:322 +msgid "See below for an example of results to aim for:" +msgstr "انظر أدناه للحصول على مثال للنتائج التي يجب السعي لتحقيقها:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:310 +msgid "" +"*Figure 13. The **EnhanceOrSuppress** module output, enhancing the OrigRNA " +"image allows you to isolate nucleoli against the nucleoplasmic background " +"signal.*" +msgstr "" +"*الشكل 13. مخرجات وحدة **EnhanceOrSuppress**، التي تعمل على تحسين صورة " +"OrigRNA، تسمح لك بعزل النويات عن إشارة الخلفية النووية.*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:313 +msgid "" +"After the **EnhanceOrSuppressFeatures** module, add an **MaskImage** module." +msgstr "بعد وحدة **EnhanceOrSuppressFeatures**، أضف وحدة **MaskImage**." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:315 +msgid "" +"**MaskImage** allows you to create a version of the `‘FilteredRNA’` image " +"called `‘RNA_in_Nuclei’` where all the pixels except the ones you specify " +"are set to an intensity of 0. In this case, we set to 0 any pixel not inside" +" a nucleus. By doing this, we can decrease the likelihood of detecting " +"cytoplasmic RNA dots." +msgstr "" +"تتيح لك خاصية **MaskImage** إنشاء نسخة من صورة \"FilteredRNA\" تُسمى " +"\"RNA_in_Nuclei\"، حيث يتم ضبط شدة جميع البكسلات، باستثناء تلك التي تحددها، " +"على الصفر. في هذه الحالة، نضبط شدة أي بكسل ليس داخل نواة على الصفر. وبذلك، " +"يمكننا تقليل احتمالية اكتشاف نقاط الحمض النووي الريبوزي (RNA) في " +"السيتوبلازم." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:317 +msgid "**🔴 TO DO: Mask the RNA image to show only the nuclear region**" +msgstr "" +"**🔴 المطلوب: إخفاء صورة الحمض النووي الريبي لإظهار المنطقة النووية فقط**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:319 +msgid "Change the input image from the drop-down menu to ‘FilteredRNA’." +msgstr "قم بتغيير صورة الإدخال من القائمة المنسدلة إلى \"FilteredRNA\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:320 +msgid "Change the name of the output image to ‘RNA_in_Nuclei’." +msgstr "قم بتغيير اسم الصورة الناتجة إلى \"RNA_in_Nuclei\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:321 +msgid "Use the objects ‘Nuclei’ as the mask." +msgstr "استخدم الكائنات \"النوى\" كقناع." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:328 +msgid "" +"*Figure 14. The **MaskImage** module output, the contrast was adjusted to " +"show that the intensity of the pixels outside the nuclei are now set to 0.*" +msgstr "" +"*الشكل 14. مخرجات وحدة **MaskImage**، تم تعديل التباين لإظهار أن شدة " +"البكسلات خارج النوى أصبحت الآن مضبوطة على 0.*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:331 +msgid "" +"After the **MaskImage** module, add an **IdentifyPrimaryObject** module." +msgstr "بعد وحدة **MaskImage**، أضف وحدة **IdentifyPrimaryObject**." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:332 +msgid "" +"**IdentifyPrimaryObjects** is used to find the nucleoli. This is a Primary " +"object segmentation because we are not using another object as a seed (i.e.," +" starting point), and are only segmenting based off the intensity in our " +"`‘RNA_in_Nuclei’` image." +msgstr "" +"تُستخدم دالة **IdentifyPrimaryObjects** لتحديد النويات. يُعد هذا تجزئة " +"للكائنات الأولية لأننا لا نستخدم كائنًا آخر كبذرة (أي نقطة بداية)، ونعتمد " +"فقط في التجزئة على شدة الإضاءة في صورة \"RNA_in_Nuclei\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:334 +msgid "**🔴 TO DO: Segment nucleoli**" +msgstr "**🔴 المطلوب: تقسيم النويات**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:336 +msgid "Change the input image from the drop-down menu to `‘RNA_in_Nuclei’`" +msgstr "غيّر صورة الإدخال من القائمة المنسدلة إلى \"RNA_in_Nuclei\"" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:337 +msgid "Change the name of the objects to `‘Nucleoli’`" +msgstr "غيّر اسم الكائنات إلى \"النوى\"" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:338 +msgid "" +"Adjust the segmentation parameters until you are satisfied with the results." +msgstr "اضبط معلمات التجزئة حتى ترضى بالنتائج." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:340 +msgid "" +"**Tip**: you can use a similar strategy to segment mitochondria using the " +"`'OrigMito'` channel" +msgstr "" +"**نصيحة**: يمكنك استخدام استراتيجية مماثلة لتقسيم الميتوكوندريا باستخدام " +"قناة \"OrigMito\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:342 +msgid "" +"**🔴 TO DO**: Add an **OverlayOutlines** module at this point to overlay the " +"identified nucleoli on the `'Orig_RNA'` image to assure yourself that the " +"segmentation not only matches the speckle enhanced `'FilteredRNA'` image, " +"but also looks accurate on the unprocessed image as well. This is not " +"strictly necessary but can be a nice “sanity check”." +msgstr "" +"**🔴 المطلوب تنفيذه**: أضف وحدة **OverlayOutlines** في هذه المرحلة لتراكب " +"النويات المحددة على صورة `'Orig_RNA'` للتأكد من أن التجزئة لا تتطابق فقط مع " +"صورة `'FilteredRNA'` المحسّنة بالبقع، بل تبدو دقيقة أيضًا على الصورة غير " +"المعالجة. هذا ليس ضروريًا تمامًا، ولكنه يُعدّ بمثابة \"فحص منطقي\" مفيد." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:344 +msgid "" +"**Goal**: display outlines of your nucleoli and your nuclei on the " +"unprocessed `'OrigRNA'` image." +msgstr "" +"**الهدف**: عرض الخطوط العريضة للنويات والنوى على صورة \"OrigRNA\" غير " +"المعالجة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:345 +msgid "Name the output image `'SanityCheck'`" +msgstr "قم بتسمية الصورة الناتجة \"SanityCheck\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:346 +msgid "" +"Here’s an example of what that could look like (red=Nuclei, green=Nucleoli):" +msgstr "" +"إليك مثال على الشكل الذي قد يبدو عليه ذلك (الأحمر = النوى، الأخضر = " +"النويات):" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:353 +msgid "" +"*Figure 15. The **OverlayOutlines** module output, all detected nucleoli are" +" within the nuclei.*" +msgstr "" +"*الشكل 15. مخرجات وحدة **OverlayOutlines**، جميع النويات المكتشفة تقع داخل " +"النوى.*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:357 +msgid "**9. 🔴 TO DO: Add measurement modules to your pipeline (10min)**" +msgstr "**9. 🔴 المطلوب: إضافة وحدات قياس إلى مسار العمل الخاص بك (10 دقائق)**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:359 +msgid "" +"After your segmentation of the nucleoli, add as many object measurement " +"modules as you would like." +msgstr "بعد تقسيم النويات، أضف أكبر عدد ممكن من وحدات قياس الكائنات كما تريد." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:360 +msgid "" +"Some suggested modules to add: **MeasureObjectIntensity**, " +"**MeasurebjectSizeShape**, **MeasureColocalization**, " +"**MeasureObjectNeighbors**." +msgstr "" +"بعض الوحدات المقترحة للإضافة: **MeasureObjectIntensity**، " +"**MeasurebjectSizeShape**، **MeasureColocalization**، " +"**MeasureObjectNeighbors**." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:361 +msgid "**IMPORTANT!**" +msgstr "**مهم!**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:363 +msgid "" +"If you choose to include the **MeasureColocalization** module, we highly " +"recommend setting the `'Calculate the Manders coefficients using Costes auto" +" threshold'` option to `'NO'`. Otherwise, this module can be very time-" +"consuming" +msgstr "" +"إذا اخترت تضمين وحدة **MeasureColocalization**، فننصح بشدة بتعيين خيار " +"\"حساب معاملات ماندرز باستخدام عتبة كوستيس التلقائية\" إلى \"لا\". وإلا، فقد" +" تستغرق هذه الوحدة وقتًا طويلاً." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:365 +msgid "" +"Which objects do you think would be valuable to measure with each of these " +"modules?" +msgstr "" +"ما هي الأشياء التي تعتقد أنها ستكون ذات قيمة لقياسها باستخدام كل من هذه " +"الوحدات؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:366 +msgid "Which channels would you measure your objects in?" +msgstr "بأي قنوات ستقيس أغراضك؟" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:368 +msgid "" +"For a typical Cell Painting experiment you would add as many measurements as" +" possible, but that isn’t necessary here; however, do make sure every object" +" gets at least some measurements." +msgstr "" +"في تجربة الرسم الخلوي النموذجية، ستضيف أكبر عدد ممكن من القياسات، ولكن هذا " +"ليس ضروريًا هنا؛ ومع ذلك، تأكد من أن كل كائن يحصل على بعض القياسات على " +"الأقل." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:370 +msgid "" +"**IMPORTANT NOTE**: there are many more measurement modules and, while we " +"encourage you to explore them and some of them like **MeasureCorrelation**, " +"**MeasureTexture** and **MeasureObjectIntensityDistribution** can produce " +"valuable data for downstream profiling, they can be memory-intensive and/or " +"slow. So, for the sake of running this analysis within a reasonable time, " +"they should **not** be added for this example pipeline." +msgstr "" +"**ملاحظة هامة**: توجد العديد من وحدات القياس الأخرى، ونشجعكم على استكشافها، " +"إذ يمكن لبعضها، مثل **MeasureCorrelation** و**MeasureTexture** " +"و**MeasureObjectIntensityDistribution**، أن تُنتج بيانات قيّمة لتحليل " +"البيانات اللاحقة، إلا أنها قد تستهلك موارد الذاكرة بكثافة و/أو تكون بطيئة. " +"لذا، ولضمان تشغيل هذا التحليل في وقت معقول، يُنصح بعدم إضافتها إلى مسار " +"المعالجة هذا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:372 +msgid "" +"**10. Relate Nucleoli to their corresponding Nuclei using the RelateObjects " +"module (5min)**" +msgstr "" +"١٠. ربط النويات بالنوى المقابلة لها باستخدام وحدة RelateObjects (٥ دقائق)" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:374 +msgid "" +"Right now, you have segmented the nucleoli independently. However, we would " +"like to associate every `'Nucleoli'` to their respective `'Nuclei'`." +msgstr "" +"لقد قمتَ الآن بتقسيم النويات بشكل مستقل. لكننا نرغب في ربط كل \"نويّة\" " +"بنواة خاصة بها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:376 +msgid "" +"**🔴 TO DO:** Add a **RelateObjects** module and configure it to relate " +"`‘Nucleoli’` to `‘Nuclei’`." +msgstr "" +"**🔴 المطلوب:** أضف وحدة **RelateObjects** وقم بتهيئتها لربط `'Nucleoli'` بـ " +"`'Nuclei'`." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:382 +msgid "*Figure 16: The **RelateObjects** module output.*" +msgstr "*الشكل 16: مخرجات وحدة **RelateObjects**.*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:385 +msgid "" +"Relating the objects allows you to create per-parent means (e.g., for this " +"cell, what is the average size of an individual mitochondrion) and calculate" +" distances from the child objects to the edge and/or the center of the " +"parent (e.g., how far is each nucleolus from the center of the nucleus)." +msgstr "" +"تتيح لك عملية ربط الكائنات إنشاء متوسطات لكل أصل (على سبيل المثال، بالنسبة " +"لهذه الخلية، ما هو متوسط حجم الميتوكوندريون الفردي) وحساب المسافات من " +"الكائنات الفرعية إلى حافة و/أو مركز الأصل (على سبيل المثال، ما هي المسافة " +"بين كل نوية ومركز النواة)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:387 +msgid "**11. Export measurements**" +msgstr "**11. قياسات التصدير**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:389 +msgid "Add a **ExportToSpreadsheet** module at the end of the pipeline." +msgstr "أضف وحدة **ExportToSpreadsheet** في نهاية مسار المعالجة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:390 +msgid "In `'Output file location'` select `'Default Output Folder'`" +msgstr "في خانة \"موقع ملف الإخراج\"، حدد \"مجلد الإخراج الافتراضي\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:391 +msgid "" +"You can change the `'Default Output Folder'` by clicking the button at the " +"bottom left corner of the window" +msgstr "" +"يمكنك تغيير \"مجلد الإخراج الافتراضي\" بالنقر على زر الموجود في " +"الزاوية السفلية اليسرى من النافذة" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:392 +msgid "Leave all the default settings (as shown in Figure 17)" +msgstr "اترك جميع الإعدادات الافتراضية (كما هو موضح في الشكل 17)" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:393 +msgid "" +"You can pick and choose which measurements to export by selecting `'No'` in " +"the `'Export all measurement types?'` setting" +msgstr "" +"يمكنك اختيار القياسات التي تريد تصديرها عن طريق تحديد \"لا\" في إعداد " +"\"تصدير جميع أنواع القياسات؟\"" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:395 +msgid "" +"**Note** that a " +"appears next to the module. This is not an error. If you hover over it with " +"your mouse, you will see that it is just a warning saying that " +"'**ExportToSpreadsheet** will not produce output in Test Mode'. The " +"measurements will only be saved when you run the pipeline for all images " +"(see next section)." +msgstr "" +"**ملاحظة**: يظهر الرمز بجوار الوحدة. هذا ليس خطأً. عند تمرير مؤشر الماوس فوقه، " +"ستلاحظ أنه مجرد تحذير يُفيد بأن **ExportToSpreadsheet** لن يُنتج مخرجات في " +"وضع الاختبار. سيتم حفظ القياسات فقط عند تشغيل مسار المعالجة لجميع الصور " +"(انظر القسم التالي)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:401 +msgid "*Figure 17: The **ExportToSpreadsheet** module.*" +msgstr "*الشكل 17: وحدة **تصدير إلى جدول بيانات**.*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:405 +msgid "**12. Save overlay images** **[OPTIONAL]**" +msgstr "١٢. حفظ الصور المتراكبة **[اختياري]**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:407 +msgid "" +"As we are exporting the results of our analysis, it can also be worthwhile " +"to save the SanityCheck images we made previously because they are useful as" +" a control of your segmentations and to share your work with others!" +msgstr "" +"بما أننا نقوم بتصدير نتائج تحليلنا، فقد يكون من المفيد أيضًا حفظ صور التحقق " +"من السلامة التي أنشأناها سابقًا لأنها مفيدة كعنصر تحكم في عمليات التقسيم " +"الخاصة بك ولمشاركة عملك مع الآخرين!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:409 +msgid "Add a **SaveImages** module at the end of the pipeline." +msgstr "أضف وحدة **SaveImages** في نهاية مسار المعالجة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:410 +msgid "Choose `'SanityCheck'` as the image to save." +msgstr "اختر \"SanityCheck\" كصورة لحفظها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:411 +msgid "" +"We want to name the resulting image after the OrigRNA image that was used to" +" create it." +msgstr "" +"نريد تسمية الصورة الناتجة باسم صورة OrigRNA التي تم استخدامها لإنشائها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:412 +msgid "" +"In the `'Select method to construct file names'` field, leave '`From iamge " +"filename'`." +msgstr "في حقل \"تحديد طريقة إنشاء أسماء الملفات\"، اترك \"من اسم ملف الصورة\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:413 +msgid "" +"In the `'Select image name for file prefix'` field, select '`OrigRNA'`." +msgstr "في حقل \"تحديد اسم الصورة لبادئة الملف\"، حدد \"OrigRNA\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:414 +msgid "" +"Add `'_overlay'` as a suffix to the saved images. Then, the image name will " +"be the original filename + `'_overlay'`" +msgstr "" +"أضف اللاحقة \"_overlay\" إلى أسماء الصور المحفوظة. عندها، سيصبح اسم الصورة " +"هو اسم الملف الأصلي مضافًا إليه \"_overlay\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:415 +msgid "" +"In `'Output file location'` select `'Default Output Folder sub-folder'` and " +"name that sub-folder `'overlay_images'`" +msgstr "" +"في \"موقع ملف الإخراج\"، حدد \"المجلد الفرعي الافتراضي لمجلد الإخراج\" وقم " +"بتسمية هذا المجلد الفرعي \"overlay_images\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:416 +msgid "" +"You can change the `'Default Output Folder'` by clicking the button at the " +"bottom left corner of the window." +msgstr "" +"يمكنك تغيير \"مجلد الإخراج الافتراضي\" بالنقر فوق الزر الموجود في " +"الزاوية السفلية اليسرى من النافذة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:417 +msgid "" +"Leave the rest of the settings as they are in the default (as shown in " +"Figure 18)" +msgstr "" +"اترك باقي الإعدادات كما هي في الوضع الافتراضي (كما هو موضح في الشكل 18)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:424 +msgid "*Figure 18: The **SaveImages** module.*" +msgstr "*الشكل 18: وحدة **حفظ الصور**.*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:428 +msgid "**13. Run the pipeline**" +msgstr "**13. تشغيل خط الأنابيب**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:429 +msgid "" +"Now you have a pipeline that works well across different images. It is time " +"to run it through your entire dataset and collect the results!" +msgstr "" +"الآن لديك مسار معالجة يعمل بكفاءة مع مختلف الصور. حان الوقت لتطبيقه على " +"مجموعة البيانات بأكملها وجمع النتائج!" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:431 +msgid "" +"Exit test mode by clicking on the button." +msgstr "" +"للخروج من وضع الاختبار، انقر فوق الزر ." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:433 +msgid "" +"Turn all the " +"symbols to so " +"that module outputs don't pop up during analysis." +msgstr "" +"قم بتحويل جميع الرموز إلى حتى لا تظهر مخرجات الوحدة أثناء التحليل." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:434 +msgid "" +"You can also do this by going to `'Windows'` in the main menu (top of the " +"screen) and selecting `'Hide All Windows On Run'`" +msgstr "" +"يمكنك أيضًا القيام بذلك عن طريق الانتقال إلى \"Windows\" في القائمة الرئيسية" +" (أعلى الشاشة) وتحديد \"إخفاء جميع النوافذ عند التشغيل\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:436 +msgid "" +"Then, click on button at the bottom left corner." +msgstr "" +"ثم انقر على زر الموجود في الزاوية السفلية اليسرى." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:438 +msgid "Explore the spreadsheets created for each object." +msgstr "استكشف جداول البيانات التي تم إنشاؤها لكل عنصر." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:442 +msgid "" +"**CONGRATULATIONS!! YOU HAVE SUCCESSFULLY RUN YOUR FIRST CELL PROFILER " +"PIPELINE!**" +msgstr "**تهانينا!! لقد نجحت في تشغيل أول خط أنابيب لتحليل بيانات الخلايا!**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:446 +msgid "**3. [OPTIONAL] Set up the input modules (10min)**" +msgstr "**3. [اختياري] إعداد وحدات الإدخال (10 دقائق)**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:448 +msgid "" +"The four input modules (**Images**, **Metadata**, **NamesAndTypes**, and " +"**Groups**) are crucial for any CellProfiler pipeline because they define " +"how images are loaded and organized." +msgstr "" +"تعتبر وحدات الإدخال الأربعة (**الصور**، **البيانات الوصفية**، **الأسماء " +"والأنواع**، و**المجموعات**) أساسية لأي مسار CellProfiler لأنها تحدد كيفية " +"تحميل الصور وتنظيمها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:450 +msgid "" +"The **Metadata** module is already configured. With it, you can extract " +"information that is required for you analysis and which is not contained " +"within the images themselves (thus, the name 'Metadata'):" +msgstr "" +"تم إعداد وحدة **البيانات الوصفية** مسبقًا. وباستخدامها، يمكنك استخراج " +"المعلومات المطلوبة لتحليلك والتي لا توجد داخل الصور نفسها (ومن هنا جاء اسم " +"\"البيانات الوصفية\")." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:452 +msgid "" +"In this case, the module extracts the **Plate**, **Well**, **Site** and " +"**ChannelNumber** from the image files' names." +msgstr "" +"في هذه الحالة، تستخرج الوحدة النمطية **Plate** و **Well** و **Site** و " +"**ChannelNumber** من أسماء ملفات الصور." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:454 +msgid "" +"This situation is a rather simple one, but if your own data is more complex," +" there are other ways of obtaining metadata. You can `Add another extraction" +" method` and choose which images to apply them to." +msgstr "" +"هذا الوضع بسيط نسبياً، ولكن إذا كانت بياناتك أكثر تعقيداً، فهناك طرق أخرى " +"للحصول على البيانات الوصفية. يمكنك إضافة طريقة استخراج أخرى واختيار الصور " +"التي تريد تطبيقها عليها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:455 +msgid "You can also add a file which adds extra Metadata per image." +msgstr "يمكنك أيضًا إضافة ملف يضيف بيانات وصفية إضافية لكل صورة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:457 +msgid "" +"The module uses a `'regular expression'` (also known as RegEx), a sort of " +"template that fits all the file names and allows to obtain data from them." +msgstr "" +"تستخدم الوحدة النمطية \"تعبيرًا نمطيًا\" (يُعرف أيضًا باسم RegEx)، وهو نوع " +"من القوالب التي تناسب جميع أسماء الملفات وتسمح بالحصول على البيانات منها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:459 +msgid "" +"Click on the magnifying glass at the end of the regular expression box for " +"each extraction method to see how it works." +msgstr "" +"انقر على العدسة المكبرة في نهاية مربع التعبير النمطي لكل طريقة استخراج " +"لمعرفة كيفية عملها." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:461 +msgid "Let's analyze the example used in this tutorial:" +msgstr "لنقم بتحليل المثال المستخدم في هذا الدرس التعليمي:" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:462 +msgid "" +"**`^(?P.*)_(?P[A-P]{1}[0-9]{2})_site(?P[0-9])_Ch(?P[1-5]).tif`**" +msgstr "" +"**`^(?P.*)_(?P[A-P]{1}[0-9]{2})_site(?P[0-9])_Ch(?P[1-5]).tif`**" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:464 +msgid "" +"Expressions contained between parentheses are VARIABLE and are captured into" +" named variables (denoted as `(?P)`)." +msgstr "" +"التعبيرات الموجودة بين قوسين هي متغيرات ويتم التقاطها في متغيرات مسماة (يشار" +" إليها بـ `(?P)`)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:466 +msgid "" +"Expressions outside parentheses are CONSTANT and should be present in ALL " +"image file names (like the underscores and the '.tif')" +msgstr "" +"التعبيرات الموجودة خارج الأقواس ثابتة ويجب أن تكون موجودة في جميع أسماء " +"ملفات الصور (مثل الشرطات السفلية و '.tif')." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:468 +msgid "`^`: Start the regular expression" +msgstr "`^`: ابدأ التعبير النمطي" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:470 +msgid "" +"`(?P.*)`: Extract all the characters before the first underscore " +"character (_) and assign them to the measurement **\"Plate\"** for the " +"image." +msgstr "" +"`(?P.*)`: استخراج جميع الأحرف قبل حرف الشرطة السفلية الأول (_) " +"وتعيينها إلى القياس **\"Plate\"** للصورة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:472 +msgid "" +"`(?P[A-P]{1}[0-9]{2})`: Extract a single (denoted as {1}) uppercase " +"letter from A to P (denoted as [A-P]). Then, extract the next two digits " +"({2}) between [0-9] and assign it to the measurment **\"Well\"** for the " +"image." +msgstr "" +"`(?P[A-P]{1}[0-9]{2})`: استخرج حرفًا واحدًا كبيرًا (يُشار إليه بـ {1})" +" من A إلى P (يُشار إليه بـ [A-P]). ثم استخرج الرقمين التاليين ({2}) بين " +"[0-9] وقم بتعيينهما إلى قيمة القياس **\"جيد\"** للصورة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:474 +msgid "" +"`site(?P[0-9])`: After the constant string \"site\", extract the next " +"two digits {2} between [0-9] and assign it to the measurement **\"Site\"** " +"for the image." +msgstr "" +"`site(?P[0-9])`: بعد السلسلة الثابتة \"site\"، استخرج الرقمين التاليين" +" {2} بين [0-9] وقم بتعيينهما إلى القياس **\"Site\"** للصورة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:476 +msgid "" +"`Ch(?P[1-5])`: After the constant string \"Ch\", extract the " +"next digit between [1-5] and assign it to the measurement " +"**\"ChannelNumber\"** for the image." +msgstr "" +"`Ch(?P[1-5])`: بعد السلسلة الثابتة \"Ch\"، استخرج الرقم " +"التالي بين [1-5] وقم بتعيينه إلى القياس **\"ChannelNumber\"** للصورة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:478 +msgid "" +"If you want to learn more about how these regular expressions work or how to" +" adapt them to other situations, click on the button." +msgstr "" +"إذا كنت ترغب في معرفة المزيد حول كيفية عمل هذه التعبيرات النمطية أو كيفية " +"تكييفها مع مواقف أخرى، فانقر على زر ." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:484 +msgid "" +"*Figure 4: The **Metadata** module, columns in table correspond to metadata " +"categories*" +msgstr "" +"*الشكل 4: وحدة **البيانات الوصفية**، الأعمدة في الجدول تتوافق مع فئات " +"البيانات الوصفية*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:487 +msgid "" +"In the **NamesAndTypes** module, we assign names to the images and configure" +" image sets (i.e., all the different channels for a field of view). We will " +"use the metadata we extracted in the previous module to make that " +"association possible." +msgstr "" +"في وحدة **الأسماء والأنواع**، نقوم بتعيين أسماء للصور وتكوين مجموعات الصور " +"(أي جميع القنوات المختلفة لحقل رؤية معين). سنستخدم البيانات الوصفية التي " +"استخرجناها في الوحدة السابقة لجعل هذا الربط ممكنًا." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:489 +msgid "" +"This module is also fully configured already, but scroll and look through " +"the configuration to see how we use the **ChannelNumber** obtained from the " +"**Metadata** module to assign names to each image (There are several other " +"ways to create correct mappings, but these may serve as a helpful example to" +" refer to in your own work)." +msgstr "" +"تم تكوين هذه الوحدة بالكامل بالفعل، ولكن قم بالتمرير والنظر في التكوين " +"لمعرفة كيفية استخدام **ChannelNumber** الذي تم الحصول عليه من وحدة " +"**Metadata** لتعيين أسماء لكل صورة (هناك عدة طرق أخرى لإنشاء عمليات ربط " +"صحيحة، ولكن هذه قد تكون بمثابة مثال مفيد للرجوع إليه في عملك الخاص)." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:496 +msgid "*Figure 5: Image mapping using extracted metadata*" +msgstr "*الشكل 5: رسم خرائط الصور باستخدام البيانات الوصفية المستخرجة*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:499 +msgid "" +"Scroll to the bottom of the **NamesAndTypes** module settings to see how the" +" image sets are constructed ‘`Image set matching’` is set to `‘Metadata’`. " +"Each image channel is set to ‘Well → Site’." +msgstr "" +"انتقل إلى أسفل إعدادات وحدة **الأسماء والأنواع** للاطلاع على كيفية إنشاء " +"مجموعات الصور. تم ضبط \"مطابقة مجموعة الصور\" على \"البيانات الوصفية\". تم " +"ضبط كل قناة صورة على \"البئر ← الموقع\"." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:506 +msgid "*Figure 6: Image set matching using extracted metadata*" +msgstr "*الشكل 6: مطابقة مجموعة الصور باستخدام البيانات الوصفية المستخرجة*" + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:509 +msgid "" +"For this exercise the **Groups** module is not needed so it is set to ‘No’, " +"this module can be useful when you have more than one plate, or different " +"movies." +msgstr "" +"في هذا التمرين، لا حاجة إلى وحدة **المجموعات**، لذلك تم ضبطها على \"لا\". " +"يمكن أن تكون هذه الوحدة مفيدة عندما يكون لديك أكثر من لوحة واحدة، أو أفلام " +"مختلفة." + +#: ../../source/BeginnerSegmentation/CPbeginner_Segmentation.md:511 +msgid "" +"**For more information and examples on how to configure the Input modules we" +" have created a blog and video tutorial that can be accessed " +"[here](https://carpenter-singh-lab.broadinstitute.org/blog/input-modules-" +"tutorial).**" +msgstr "" +"**للحصول على مزيد من المعلومات والأمثلة حول كيفية تكوين وحدات الإدخال، قمنا " +"بإنشاء مدونة وفيديو تعليمي يمكن الوصول إليهما [هنا](https://carpenter-singh-" +"lab.broadinstitute.org/blog/input-modules-tutorial).**"