ANDES crabe

Ce dépot contient des wrappers en R de commandes SQL pour extraire des données de crabe des neiges (équipe IML de la région du Québec) fait avec ANDES.

Requirements

The {MySQL ODBC 8.0 Unicode Driver} should be available on DFO workstations. It can be installed in the software center. Name: MySQL Connector ODBC Version 8.0.22

URL: softwarecenter:SoftwareID=ScopeId_A90E3BBE-DB35-4A92-A44E-15F8C7C595B3/Application_dec16a4a-d57f-44b1-8a9f-8f6267f34539

List available drivers using odbc::odbcListDrivers() and see if it is present.

Installation

devtools::install_github("MPO-Quebec-Science/AndesCrabe")

Utilisation

1. Installer
2. Donner les détails de la connexion
3. Établir un connexion
4. Obtenir les données avec get_fishing_sets_bsm() et get_specimens_bsm()

library(ANDESCrabe)

# Infos connexion BD, voir section Authentification Connexion BD
url_bd <- "iml-science-4.ent.dfo-mpo.ca"
port_bd <- 25993
nom_bd <- "andesdb"
nom_usager <- Sys.getenv("NOM_USAGER_BD")
mot_de_passe <- Sys.getenv("MOT_DE_PASSE_BD")

# établir connexion BD (il faut être sur le réseau MPO)
andes_db_connection <- andes_db_connect(
  url_bd = url_bd,
  port_bd = port_bd,
  nom_usager = nom_usager,
  mot_de_passe = mot_de_passe,
  nom_bd = nom_bd
)
# les traits
traits <- get_fishing_sets_bsm(andes_db_connection)
View(traits)
# les spécimens
specimens <- get_specimens_bsm(andes_db_connection)
View(specimens)

Authentification Connexion BD

Il faut faire une copie du fichier gabarit exemple.Renviron et le nomer .Renviron. Par la suite il faut remplir le nom d'usagé et le mot de passe pour pouvoir faire une connexion a la BD. Il est possible de falloir redémarré R apres avoir modifier .Renviron car la lecture est uniquement fait au démarage de R. Le fichier .Renviron peut être placé au dossier home de l'usager C:\Users\TON_NOM (sur windows) ou /home/TON_NOM (sur Linux).

Developpement

checkout the repo and use

devtools::load_all()
devtools::document()

to load the library in memory without installing it.

To test the github package, detach an re-install

detach("package:ANDESCrabe", unload=TRUE)
devtools::install_github("MPO-Quebec-Science/AndesCrabe")
library(ANDESCrabe)