Add organism classification (acellular/unicellular/multicellular) for assay metadata

[SatoryKono]

Motivation

• Добавить детерминированную классификацию организмов по полям assay_organism и assay_taxonomy_id с приоритетом taxonomy_id и диагностикой конфликтов.
• Обеспечить простую, расширяемую реализацию (нормализация имени, алиасы, базовая таблица соответствий taxonomy_id → класс) без внешних HTTP-вызовов и с полным типизированным публичным API.

Description

• Добавлен новый доменный модуль src/bioetl/domain/mapping/organism_classification.py, экспортируемый через bioetl.domain.mapping, реализующий:
  • OrganismClass (Enum) с членами ACELLULAR, UNICELLULAR, MULTICELLULAR;
  • OrganismClassificationResult (frozen dataclass) с полями organism_class, normalized_organism, taxonomy_id, source, source_conflict, reason;
  • функцию classify_organism(assay_organism, assay_taxonomy_id) с приоритетом taxonomy_id и явным указанием причины/конфликта;
  • функцию normalize_organism_name (trim, lower, remove parenthetical fragments, collapse spaces);
  • встроенные маппинги TAXONOMY_CLASS_MAP, ORGANISM_ALIAS_MAP и ORGANISM_NAME_CLASS_MAP и правило ключевых слов для эвристики (штаммы/изолят, ключевые слова virus/bacter/etc.).
• Обновлён фасад src/bioetl/domain/mapping/__init__.py, добавлены экспорты OrganismClass, OrganismClassificationResult, classify_organism, normalize_organism_name.
• Добавлены unit-тесты tests/unit/domain/mapping/test_organism_classification.py, покрывающие: классификацию по taxonomy_id, классификацию по имени (включая штаммы), алиасы (hiv, rice, eel, monkey), поведение при конфликте и невалидный/пустой ввод.

Testing

• Unit tests for the new module passed: uv run python -m pytest tests/unit/domain/mapping/test_organism_classification.py -q ✅.
• Ran repository-wide tests: uv run python -m pytest tests/ -x -q — failed due to pre-existing repository formatting checks (ruff) detecting an unrelated test file that needs formatting (tests/unit/infrastructure/config/test_contract_policy_loader.py) (failure is unrelated to the new mapping logic) ❌.
• Type check: uv run python -m mypy --strict src/bioetl/ — reported pre-existing mypy issues in unrelated files (src/bioetl/__init__.py, src/bioetl/infrastructure/config/contract_policy_loader.py, src/bioetl/infrastructure/system/memory_monitor.py), so strict type-check for entire repo did not pass (these are existing errors) ❌.
• Lint/format: applied ruff format to the new files during the rollout; new module now adheres to ruff checks.

If desired, next steps: expand the taxonomy mapping table and aliases from a config file or reference CSV, and follow-up PRs can address the unrelated formatting/mypy issues that block full-suite gates.

---

Codex Task

[chatgpt-codex-connector]

You have reached your Codex usage limits for code reviews. You can see your limits in the Codex usage dashboard.

[SatoryKono]

Superseded by #2380.