Add organism classification (taxonomy-first) with diagnostics

[SatoryKono]

Motivation

• Реализовать детерминированную классификацию организмов для полей assay_organism + assay_taxonomy_id в доменном слое (категории: acellular / unicellular / multicellular) с приоритетом taxonomy_id и диагностикой конфликтов источников.
• Поддержать нормализацию имен, алиасы и простую расширяемую таблицу соответствий без внешних HTTP-вызовов и с полной типизацией публичного API.

Description

• Добавлен доменный сервис classify_organism в src/bioetl/domain/services/organism_classification_service.py с контрактом OrganismClass (Enum) и OrganismClassificationResult (frozen dataclass) и вспомогательными lookup/normalize-функциями.
• Реализована логика: assay_taxonomy_id → map; при отсутствии валидного taxonomy_id — normalize assay_organism + alias/dictionary lookup + binomial fallback + keyword rule для вирусов/фагов; при конфликте помечается source_conflict=True.
• Экспорт нового API через bioetl.domain.services.__init__ для удобного импорта (OrganismClass, OrganismClassificationResult, classify_organism).
• Добавлены unit-тесты tests/unit/domain/services/test_organism_classification_service.py, покрывающие требования (viruses/phage, bacteria/fungi, multicellular, aliases, conflicts, invalid input).
• Небольшие вспомогательные правки для прохождения репозиторных проверок: упрощён возврат валидированных моделей в contract_policy_loader, мелкие формат/типографические правки в base_config_loader и memory_monitor (убраны/упрощены проблемные комменты), чтобы mypy/ruff/isort проходили.

Testing

• Выполнены unit-тесты для нового сервиса: uv run python -m pytest tests/unit/domain/services/test_organism_classification_service.py — успешно.
• Архитектурный тест сложности функций: uv run python -m pytest tests/architecture/test_code_metrics.py::TestFunctionComplexity::test_domain_complexity — успешно (функции в домене в рамках CC limit).
• Строгая типизация: uv run python -m mypy --strict src/bioetl/ — успешно.
• Форматирование/импорт-стиль: uv run python -m ruff format --check src tests и uv run python -m ruff check --select I src tests — успешно после авто-форматирования/фиксинга затронутых файлов.
• Полный тестовый прогон: uv run python -m pytest tests/ -x -q — большинство тестов прошло; один E2E упал из-за внешнего 500 Internal Server Error от ChEMBL API при запросе (вне области изменений классификатора) и отмечен как внешний/не относящийся к этой реализации.

---

Codex Task

[chatgpt-codex-connector]

You have reached your Codex usage limits for code reviews. You can see your limits in the Codex usage dashboard.

[SatoryKono]

Superseded by #2380.