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Phase Field Fracture
世界初: VEM × phase-field × バイオフィルム剥離の統合
Phase-field fracture は亀裂(クラック)を連続場 d(x) ∈ [0,1] で表現する破壊力学の手法。
| d 値 | 意味 |
|---|---|
| d = 0 | 無傷 (intact material) |
| 0 < d < 1 | 部分損傷 (damage zone) |
| d = 1 | 完全破壊 (fully cracked) |
| 従来 (XFEM等) | Phase-field | |
|---|---|---|
| 亀裂表現 | 不連続面 (明示追跡) | 連続場 d(x) |
| メッシュ変更 | 必要 | 不要 |
| 分岐・合流 | 複雑な処理 | 自然に扱える |
| 数学的基礎 | Ad hoc | 変分原理 |
| Symbol | Meaning | Value |
|---|---|---|
| g(d) = (1-d)² + k | degradation function (剛性劣化) | k ≈ 10⁻⁶ |
| ψ⁺(u) | tensile strain energy (亀裂駆動) | — |
| ψ⁻(u) | compressive strain energy (亀裂に影響しない) | — |
| G_c | fracture toughness (破壊靭性) | 0.01–0.5 J/m² |
| ℓ | regularization length (亀裂帯域幅) | 0.02–0.1 |
主ひずみ ε_i を分解:
- ε⁺ = Σ max(ε_i, 0) · n_i ⊗ n_i (引張成分のみ)
- ε⁻ = ε - ε⁺ (圧縮成分)
→ 圧縮下では亀裂が進展しない (物理的に正しい)
Aldakheel et al. (2018, IKM Hannover) の手法:
for each load step:
1. Displacement solve: min_u E[u, d_old] → K(d) · u = f
2. History update: H = max(H_old, ψ⁺_new) # irreversibility
3. Phase-field solve: min_d E[u_new, d]
4. Enforce: d_new ≥ d_old # damage は不可逆
不可逆性: 一度壊れた箇所は修復されない(history variable H で保証)。
| Feature | FEM (三角/四角) | VEM (Voronoi) |
|---|---|---|
| メッシュバイアス | あり | なし |
| コロニー対応 | 複数要素/colony | 1 colony = 1 要素 |
| G_c 定義 | 要素間補間必要 | セル単位で自然 |
| Remesh | 必要な場合あり | 不要 |
| IKM系譜 | — | Aldakheel が開拓 |
G_c(DI) = G_c_min + (G_c_max - G_c_min) · (1 - DI)^n
| Condition | DI | G_c [J/m²] | 意味 |
|---|---|---|---|
| Commensal | ≈ 0 | 0.50 | 丈夫 — EPS cross-link 豊富 |
| Intermediate | ≈ 0.5 | 0.13 | 中間 |
| Dysbiotic | ≈ 1 | 0.01 | 脆い — EPS 少, crack しやすい |
DI が高い (病原性が高い) バイオフィルムは EPS マトリクスの cross-link が少なく、機械的に弱い → 小さい力で剥離。


Dysbiotic center (高 DI, 低 G_c) から亀裂開始 → 周辺に伝播。

DI 場 → G_c 場 → 亀裂進展の3段階。


Step 18 で急激なドロップ = 脆性破壊 (brittle fracture)。
SAPA dual-species (SA + PA) の 2D 断面に phase-field fracture を適用。

6パネル:
- (a) DI 場 — PA-dominant 領域で DI ≈ 0.76
- (b) G_c 場 — PA 領域で G_c ≈ 0.038 (脆い)
- (c) Phase-field d (最終) — d_max = 0.85
- (d) E 場 — SA 領域で高剛性
- (e) Damage evolution — d_max と |u|_max の時間発展
- (f) Confocal overlay — 元の蛍光画像 (G=SA, R=PA)
| Parameter | Value |
|---|---|
| Elements | 69 VEM (Voronoi) |
| DI range | 0.18 – 0.76 |
| G_c range | 0.038 – 0.340 J/m² |
| Load steps | 30 |
| d_max (final) | 0.85 |
| Cracked nodes | 57/82 (70%) |
- PA-dominant 領域 (低 G_c) から亀裂が開始
- SA-dominant 領域 (高 G_c) は最後まで intact
- Step 10–15 で急激な damage propagation
Phase-field の代替。界面に traction-separation law を適用。

A posteriori error estimator で亀裂先端を自動検出 → h-adaptive 細分化。

| Paper | Year | ポイント |
|---|---|---|
| Aldakheel, Hudobivnik, Hussein, Wriggers | 2018 | Phase-field VEM (IKM 原著) |
| Nguyen-Thanh, Zhuang et al., Wriggers | 2018 | 2D VEM crack (IKM) |
| Miehe, Hofacker, Welschinger | 2010 | Phase-field thermodynamic framework |
| Bourdin, Francfort, Marigo | 2000 | Variational approach to fracture |
世界初: 3D polyhedral VEM × phase-field。2D の拡張。


詳細は 3D Real Biofilm を参照。
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vem_phase_field.py— 2D PhaseFieldVEM class + staggered solver -
vem_phase_field_3d.py— 3D PhaseFieldVEM3D class + spectral decomposition -
phase_field_real_3d.py— Real SAPA data pipeline -
vem_error_estimator.py— A posteriori error + adaptive
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